En Basilea, el Directorio francés se mostró relativamente generoso porque necesitaba la marina española, que era la tercera del mundo. Se volvió a la tradicional alianza de Francia y España contra Inglaterra, esto inicio la alianza con Napoleón. Éste es el sentido del tratado de San Ildefonso (1796). España se convirtió en un auxiliar de Francia, que le obligó a entrar en guerra al año siguiente. En Europa, los ingleses infligieron a la marina española una severa derrota en el cabo de San Vicente (14 de febrero de 1797); en América, ocuparon la isla de Trinidad, situada delante de la desembocadura del Orinoco y, por lo tanto, excelente base para el contrabando. La situación interna no era mejor. La élite ilustrada se sentía decepcionada, cuando no perseguida; el caso más significativo es el de Jovellanos, magistrado íntegro y respetado que, tras un breve paso por el ministerio, cayó en desgracia y fue desterrado en provincias. Las capas populares manifestaron una hostilidad sin atenaces contra Godoy. La corte no pudo ignorar el aumento y la violencia del descontento. Sacrificó a Godoy, quien dejó el gobierno, pero conservo todos los honores y los emolumentos acumulados a lo largo de los últimos años.
Aunque oficialmente se le hubiese apartado del poder, Godoy conservaba la confianza del rey, que no hacía nada sin consultarle. España dio en aquellos momentos la impresión de desempeñar el papel poco glorioso de auxiliar a la Francia de Napoleón, obsesionada por el deseo de destruir el poder de Inglaterra. España participó en la expedición que Francia proyectó para intimidar a Portugal, aliado de Inglaterra. En aquella ocasión —la llamada guerra de las naranjas (febrero de 1801)—, Godoy actuó como general en jefe del ejército español. Resuelto a humillar a Inglaterra, Napoleón concibió dos planes: invadir su territorio y arruinar su comercio; estos proyectos están en el origen de la intervención francesa en España. El gobierno español tuvo que poner su marina a disposición de Napoleón. Las escuadras francesa y española se reunieron en Cádiz; cuando intentaron salir del puerto, el almirante inglés Nelson les salió al paso en Trafalgar (octubre de 1805); España perdió en aquella ocasión gran parte de aquella marina a la que había dedicado tantos esfuerzos desde la época del marqués de la Ensenada. Destruyó ambas armadas.
Godoy aceptó participar en una nueva expedición para forzar a Portugal a aplicar el bloqueo continental decretado por Napoleón contra los productos ingleses. Estuvo tanto mas dispuesto a hacerlo cuanto que Napoleón le dio a entender que sacaría d ella algún provecho personal. En efecto en octubre: de 1807, el Emperador francés declaró a la Casa de Braganza desposeída de sus derechos; Portugal iba a ser desmembrado y Godoy, en príncipe de los Algarves, obtendría la soberanía sobre la parte sur del territorio portugués. En aplicación del tratado de Fontainebleau (22 de octubre de 1807), tropas francesas empezaron a atravesar España, dirigiendose a Portugal; otras tropas francesas parecían querer encaminarse hacia Andalucía. Godoy sospecho entonces que Napoleón pensaba en ocupar toda España y aconsejó a Carlos IV abandonar la capital y dirigirse a Sevilla; desde allí, se la situación empeoraba, la familia real podría embarcarse para América, como acababa de hacer la familia real portuguesa.
Carlos IV siguió los consejos de Godoy, pero no pudo ir más allá de Aranjuez. En efecto, desde hacía meses, el descontento aumentaba contra Godoy, a quien se responsabilizaba de todas las desgracias de la nación y a quien se atribuía una ambición personal desmesurada; en enero de 1807 había recibido nuevos honores: el título de Gran Almirante de España y de las Indias, el tratamiento de alteza serenísima que lo asimilaba a un miembro de la familia real. Estos hechos empujaron a sus adversarios a agruparse en torno al príncipe heredero don Fernando; se trataba de ponerle en el trono de España en lugar de su padre, Carlos IV. Una primera conspiración fracasó en El Escorial (octubre de 1807). Pero la segunda tuvo más éxito, en Aranjuez, el 17 de marzo de 1808. Dos días después, Carlos IV tuvo que sacrificar a Godoy y destituirlo de todos sus títulos, pero la muchedumbre no se dio por satisfecha. Carlos IV no tuvo más remedio que abdicar en favor de su hijo, el 19 de marzo. Fernando VII se dispuso a reinar, pero la presencia en España del ejército francés hizo que Napoleón se convirtiera en árbitro de la crisis en la que estaba sumida la casa real española. Napoleón atrajo a Bayona a Carlos IV y a su hijo, y forzó ambas abdicaciones. De este modo impuso a su hermano José I en el trono de España.
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