Ocho años después de su inauguración, la línea ferroviaria y la terminal empezó a ensayar el papel que le tocaría desempeñar tres décadas más tarde. Pero conviene no adelantarse, porque es justo entonces cuando la leyenda de Canfranc comienza a fraguarse.Un contrato entre los estados español y francés, determinaba que la estación tendría la doble nacionalidad a pesar de que tanto el túnel como el propio edificio se encontraran en territorio español. Esta doble nacionalidad adquirió al iniciarse la Segunda Guerra Mundial una enorme importancia estratégica. La estación era el centro del comercio de bienes de todo tipo entre España y Europa, en particular para el comercio de tungsteno y oro entre Alemania, Suiza, España y Portugal.
La aduana internacional fue reabierta después de estar cerrada durante la Guerra Civil española (1936-39) para evitar una invasión desde Francia. Poco después, en los años 1942 y 1943, vivió una actividad que jamás volvió a recuperar hasta su cierre definitivo en 1970. La supuesta neutralidad de España en el conflicto provocó que en esa época de convulsión en Europa llegaran a pasar 1.200 toneladas de mercancías mensuales en la ruta Alemania-Suiza-España-Portugal –entre ellas 86 del oro nazi robado a los judíos–.
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