Desde Aristóteles hasta Linneo, los biólogos dividían el mundo de seres vivos en dos reinos: vegetal (Plantae), individuos inmóviles, autótrofos y fotosintéticos, y animal (Animalia), organismos móviles y heterótrofos.
En 1866, el alemán Ernst Haeckel sugirió la conveniencia de constituir un tercer reino: el Protista, que comprendiera los organismos unicelulares (bacterias, algas, hongos y protozoarios). En 1937, Chatton estableció un cuarto reino, el Monera, para abarcar a todos los organismos procariontes (bacterias y cianofitas), diferenciándolos de los eucariontes (plantas, animales y protistas).
En 1969, el biólogo R. H. Whittaker, establece un esquema de clasificación que reúne los organismos en cinco reinos. Él distinguió el reino Fungi (hongos y levaduras) como un reino separado de las otras formas de origen vegetal. Los hongos carecen de pigmentos fotosintéticos pero tienen núcleos y paredes celulares.
En 1990, Carl Woese comprobó que por la secuenciación del ARNr, los procariontes se dividían en dos grupos: eubacterias y arqueobacterias Propuso un nuevo taxón superior al reino que llamó dominio.
Todos los seres vivos se agruparían en 3 dominios: Bacteria, Archaea y Eukarya, de los cuales, dos son exclusivamente procariontes pertenecientes al que era el reino Monera (Bacteria y Archaea) y el tercero (Eukarya), formado por eucariontes, incluiría entre otros los reinos Protista, Plantae, Animalia y Fungi.
Este sistema propone que una célula ancestral común dio origen a tres diferentes tipos celulares: Archaea (arqueobacterias), Bacteria (eubacterias) y Eukarya (protistas, hongos, animales y plantas).