Desde el comienzo de la conquista se planteó un doble problema vinculado a la naturaleza de los indígenas. Por un lado eran súbditos de la Corona de Castilla, en cuyo caso no podían ser esclavizados, o si no lo eran y entonces podían convertirse en una mercancia. Por otro lado había que definir la índole de la relación de los conquistadores con los naturales. La discusión inicial se centró e torno a si los indígenas eran bárbaros o infieles a quienes podían esclavizarse, o si eran paganos que debían ser evangelizados. Cuando Colón advirtió que en las islas caribeñas no abundaba el oro, intento desarrollar un método que había proporcionado a los portugueses importantes beneficios en África: la venta de esclavos. Ante las ganancias que se podían obtener, la Corona accedió a la petición del almirante, pero algunos teólogos próximos a los Reyes Católicos se opusieron alegando que como los indios eran paganos, primero se les debía iniciar en la fe y sólo cuando la rechazasen explícitamente podrían considerarse infieles. De este modo, la reina Isabel declaró que los indígenas eran libres y no sujetos a servidumbre.
La evangelización fue el proceso que, conducido por la Iglesia española, permitió la conversión masiva de los indígenas americanos al cristianismo. Sin embargo, no en todos los lugares los indios respondieron de la misma manera, ni los estímulos materiales y espirituales fueron los mismos, razón por la cual los ritmos y características de la evangelización debieron adaptarse a patrones regionales. Todos los indicios apuntan a que la cristianización de los indígenas fue más rápida en México y Perú y más lenta en algunas zonas periféricas. Marco Palacios y Frank Safford señalan que los clérigos que llegaban a la costa atlántica de Colombia no permanecían en ella mucho tiempo, pues las comunidades indígenas de la zona eran bastante pobres y no podían garantizar la buena vida de los doctrineros. Los religiosos optaban por marcharse al Perú o a otras regiones donde la población india era más numerosa.
En los momentos iniciales de la conquista y colonización, las ordenes religiosas cumplieron un papel central en el adoctrinamiento de los indígenas, al estar más predispuestas a relacionarse con los indígenas que el clero secular. En poco tiempo, la presencia de los religiosos se consolido en America y a fines del siglo XVI ya habían llegado a América entre 5.000 y 5.500 monjes, entre ellos 300 mercedarios, 2.200 franciscanos, 1.670 dominicos, 470 agustinos y 350 jesuítas. Esta superpoblación de frailes, con los consiguientes conflictos entre las órdenes, cada cual con su particular método de adoctrinamiento y lealtades, hizo necesario ordenar territorialmente la conquista espiritual. De este modo, a partir de 1563 se estableció que todos los nuevos monasterios que se construyeran en una provincia deberían depender de una misma orden, lo que no impidió a las tradicionales contar con grandes e imponentes parroquias conventuales en las principales ciudades.
La Educación
La política educativa de la Corona potenció la creación de colegios para indios y mestizos, mientras descuidaba la enseñanza de los niños españoles.
Colegios como el de San Bernardo de Cuzco eran excepcionales. La situación era diferente en la enseñanza superior, ya que el ingreso a las universidades estaba prohibido a quienes no fueran españoles. La enseñanza para los indígenas se centró en los colegios de las órdenes regulares. El primer colegio lo fundaron los franciscanos en Santo Domingo en 1513, junto a su convento. A mediados del siglo XVI los franciscanos tenían unos 200 colegios en México, y los dominicos unos 60 en Perú. Algunos establecimientos se centraban en la educación de los hijos de los caciques. Éste fue el caso del colegio de la Santa Cruz de Tlatelolco, fundado en 1536, que tuvo hasta mil alumno y sirvió de modelo en Puebla, Bogotá, Quito o Lia. El colegio de San Juán de Letrán, creado en 1547, era para los mestizos. Muchas enseñanzas de artes y oficios, como la fundada por los franciscanos en México. Talleres-escuela también se vieron en los hospitales-pueblos de Vasco de Quiroga. Una parte de la enseñanza superior estuvo a cargo de las órdenes religiosas, especialmente de jesuítas y dominicos. En este sentido se diferenciaban las universidades mayores u oficiales fundadas en México y Lima en 1551 de las menores o religiosas, vinculadas a algún colegio o convento. La creación de estas universidades requería una doble autorización: papal y real.
La primera se creó en 1538 en Santo Domingo y a lo largo del siglo XVI surgieron otras en Lima (Universidad Mayor de San Marcos), La Plata, La Paz y Quito. En el siglo XVII se fundó la Universidad Real y Pontificia de San Carlos, en Guatemala, y se crearon dos en Quito y en Bogotá, entre ellas la Javeriana, junto a otras en Cuzco, Chuquisaca y Córdoba.