Hamilton, a la defensiva después de su accidente de la práctica final, fue dos décimas más lento que Rosberg en la Q3 el sábado en Suzuka.
De cara a la carrera de mañana, el ganador del título del 2008 tiene una delgada ventaja de tres puntos sobre Rosberg en la clasificación general del campeonato.
"No fui lo suficientemente rápido hoy -. Nico fue muy rápido hice lo mejor que pude", dijo Hamilton, quien está en busca de su primera victoria en el circuito.
"Simplemente estaba sintiendo iba bien. Todavía estaba rápido, pero Nico estaba fantásticamente rápido."
Hamilton también elogió los esfuerzos de sus mecánicos para la reconstrucción de su coche en un corto tiempo.
"Los chicos hicieron un trabajo fantástico para reconstruir el coche después de que lo tiré a la basura, así que gracias a ellos", añadió Hamilton