A finales de la Edad Media aparecieron dos herejes que podemos considerar los precursores de las tendencias religiosas de la Edad Moderna. Uno de ellos fue John Wyclif, el primer gran hereje de Inglaterra que ofreció una alternativa a las doctrinas de la Iglesia católica.
John Wyclif
Wyclif fue doctor de teología en la Universidad de Leicester y catedrático de Oxford. Sus ideas también iban dirigidas hacia la crítica de los excesos del clero y de la riqueza de la Iglesia. Para él, la verdadera Iglesia estaba formada por escogidos que debían practicar la pobreza y la humildad. Rechazaba el papel intercesor del clero y predicaba que ni la Iglesia ni sus ministros eran necesarios como intermediarios para entender las Sagradas Escrituras. Creía que Dios era un ser eterno omnisciente conectado con el mundo que había creado. La Bíblia era el libro sagrado que contenía la verdadera palabra de Dios, el reflejo de su voluntad. El éxito de Wyclif también residió en sus ideas políticas, que le ayudaron a ganarse el apoyo de los poderes seculares de Inglaterra: decía que el clero debía estar subordinado al rey, y la Corona era la más adecuada para llevar a cabo la reforma de la Iglesia: el poder secular estaba otorgado por Dios. El rechazo que sentía por la Iglesia terrenal, a causa de su desviación de las enseñanzas de los Evangelios y de la acumulación de riquezas y de poder, demuestra la importancia que para Wyclif tenía la Bíblia y la Iglesia primitiva. Lo que marcó el paso de reformador radical a hereje fue su doctrina sobre la Eucaristía: Wyclif rechazaba el principio de la transubstanciación, es decir, la conversión del pan en el cuerpo de Cristo y del vino en la sangre de Cristo. Para Wyclif, la sustancia del pan y del vino continuaban estando presentes tras la consagración, sin que el cuerpo ni la sangre de Cristo lo fueran físicamente, sino tan sólo figurativamente -consubstanciación-. Este hecho fue el principal que lo llevó a ser condenado por hereje. Sus seguidores, llamados lolardos, aparecieron entre sus partidarios de Oxford y adoptaron la doctrina sobre la Eucaristía predicada por Wyclif. Hacia 1382 se tomaron medidas contundentes para suprimir este movimiento. Los lolardos sobrevivieron clandestinamente hasta el siglo XV.
Jan Hus
El movimiento reformista de Jan Hus se inició en Bohemia -se convertiría en el inspirador de la Iglesia nacional checa-. En Bohemia, la Iglesia había llegado a un punto tal de poder que era el mayor terrateniente, superando incluso las posesiones del rey. Jan Hus era un teólogo e intelectual que había oído hablar de las enseñanzas de Wyclif. Su doctrina había llegado a Bohemia gracias a la relación existente entre la Universidad de Oxford y la de Praga. Como también lo había sido el teólogo de Leicester y Oxford, Jan Hus se convirtió en el líder del movimiento reformista checo, precursor de los reformadores del siglo XVI. También criticaba el excesivo poder acumulado por la Iglesia terrenal e insistía en que la verdadera Iglesia era invisible. Negaba que el Papa fuera el sucesor directo de Pedro y que el Papado no era divino, sino una institución humana. Fue condenado por hereje por su concepción de la verdadera Iglesia como una asociación de escogidos. Cristo era el líder de la Iglesia y no el Papa. La reforma que él había iniciado, conocida como la reforma husita, continuó tras su muerte en la hoguera, conduciendo a la revolución. Su radicalismo llevó a una guerra abierta que acabó en 1436 con la derrota husita y taborista -su ala radical-.
Con la supresión de este movimiento llegamos al final de las herejías medievales y entramos en un período seguramente igual de turbulento, influenciado por estas ideas de reforma, con la aparición de las doctrinas de Lutero y las guerras de religión de la Edad Moderna.