La flora bacteriana ayuda a la fermentación de sustratos no digeridos y mucinas endógenas, a la recuperación de energía mediante la liberación de Ácidos Grasos de Cadena Corta (AGCC), protege frente a la invasión de patógenos, e induce el desarrollo, estimulación y modulación del sistema inmune.
Disponemos de algunos alimentos que van directamente a aportarnos estos microorganismos vivos, que se ingieren con el fin de obtener un efecto beneficioso independiente de su valor nutritivo intrínseco (por ejemplo: prevención y tratamiento de las diarreas infecciosas, intolerancia a la lactosa o modulación del sistema inmune en caso de alergias).
Sus efectos fisiológicos vienen derivados en gran medida de su fermentación colónica, actuando sobre la motilidad, la flora intestinal y sobre la absorción y metabolismo de nutrientes, con unas cualidades excepcionales y únicas sobre el colonocito. Los ácidos grasos de cadena corta (acético, propiónico y butírico: AGCC) pueden inducir crecimiento y curación de la mucosa colónica y el butirato es el principal sustrato energético de la misma.
Los efectos más importantes de los AGCC, son por una parte disminuir el pH intraluminal, estimular la reabsorción de agua y sodio fundamentalmente
en colon ascendente, y potenciar la absorción en el colon de cationes divalentes.
En general, la fibra de tipo soluble retrasa el tiempo de tránsito en el estómago y en el intestino delgado, son rápidamente fermentados por las bacterias del colon y no tienen efecto laxante. Las fibras predominantemente de tipo insoluble tienen efecto laxante y no son fermentadas o lo son muy escasamente.
Las fibras viscosas reducen las tasas de absorción, disminuyendo las concentraciones en sangre de algunos nutrientes, como la glucosa o el colesterol.
Podría decirse que cada tipo de sustancia tiene unas propiedades diferentes en función de su solubilidad en agua, su viscosidad, capacidad de fermentar o la posibilidad de que induzcan efectos a nivel sistémico.