La interrupción del tratamiento o la discontinuidad del mismo, acelera la resistencia al tratamiento, como consecuencia de la aparición de mutaciones del gen BCR-ABL que cambia la configuración de la proteína, de tal modo que el fármaco ya no se une tan bien a la molécula y no puede bloquear su acción. De este modo, es de vital importancia sostener el tratamiento en el tiempo y no interrumpirlo.
En los casos de aquellos pacientes resistentes, cuando no se dispone de otras terapias dirigidas que puedan vencer dicha resistencia, se retoman los tratamiento convencionales, por lo general mas agresivos con mayor cantidad de efectos secundarios y perdida de la calidad de vida. En otros casos se usan tratamientos combinados entre la terapia dirigidas con los tratamientos tradicionales. por t.m