Las conquistas se habían consumado. Los españoles extendieron sus dominios desde los actuales estados norteamericanos de Nuevo México y Arizona hasta la Patagonia (Argentina), es decir, por casi todo el continente americano. Las conquistas se habían realizado con el argumento de que las tierras descubiertas estaban habitadas por indígenas paganos que vivían bajo la idolatría y el poder del Diablo, por lo que los reyes de España, fieles a la Iglesia de Roma y a la religión católica, tenían la obligación moral de extender la palabra de Dios a todos los rincones de la tierra. Si lo habían hecho con la reconquista española, por qué no hacerlo en los territorios de ultramar. Junto a la espada venía la cruz.
A los conquistadores, después de haber arriesgado su vida para vencer a los imperios indígenas, les interesaba más la fortuna y la gloria que la responsabilidad moral de inculcar el evangelio en las comunidades indígenas como lo deseaban el Vaticano y la Corona española. Para solucionar estas diferencias se retomó del mundo medieval un sistema económico llamado encomienda, y del mundo indígena una práctica tradicional: el tributo. La encomienda significaba que el rey de España “encomendaba” una extensa superficie de tierra con sus respectivos pueblos de indios a un antiguo conquistador primero y a colonos después. Las tierras que la Corona española donó a los encomenderos se conocieron como mercedes reales. Las mercedes reales también podían ser donadas a indígenas para que formaran tierras comunales, pero especialmente fueron otorgadas a españoles para que las hicieran producir.
Los indígenas encomendados por la fuerza tenían la obligación de prestar sus servicios personales y su fuerza de trabajo al encomendero, así como de pagar un porcentaje de su trabajo como tributo. A cambio, el encomendero debía velar por la seguridad de los indígenas y sobre todo enseñarles la doctrina cristiana. Pero los encomenderos explotaban a los indígenas y aumentaban constantemente los tributos. lo que a largo plazo provocó un gran descenso de la población indígena que no resistía las extenuantes cargas de trabajo. La encomienda pronto se convirtió en un espacio de corrupción, dominación y e
xplotación de los españoles sobre los indígenas, al grado de ser prohibida a mediados del siglo XVI por el rey de España, aunque en realidad siguió funcionando hasta inicios del siglo XVII.
Aunque al poco tiempo de su llegada los españoles asumieron el poder, no todo fue fácil. El poder virreinal tardó casi un siglo en consolidarse.
Es importante saber que aunque la llegada de los conquistadores significó una irrupción en la vida de los pueblos mesoamericanos y produjo cambios muy profundos, muchas tradiciones, costumbres y hábitos indígenas permanecieron. Los españoles tuvieron una buena estrategia: aprovechar todo lo que podía servirles de la antigua forma de organización indígena. Por ejemplo, les pareció que podía servirles la forma de organización política y social en altépetl. o pequeños Estados autónomos indígenas en los que gobernaba un tlatoani. Así cambiaron el nombre de altépetl por el de señoríos, y al tlatoani lo convirtieron en cacique. Los señoríos se utilizaron para cobrar los tributos y para evangelizar, además servían para mantener el orden y organizar el trabajo. Lo más significativo de estos pueblos indios fueron los hospitales-pueblo que fundó Vasco de Quiroga en Michoacán. Esta forma de organización indígena permaneció durante la Colonia: sin embargo, como toda permanencia en la historia, no quedó inalterada o sin sufrir cambios. Los españoles organizaron los señoríos a la manera de los cabildos o ayuntamientos que existían en España. Se designaron hombres de la nobleza o de linaje como alcaldes y regidores, se organizaban elecciones y se hicieron cajas de tesorería.
Se reemplazó a los militares españoles que tenían el poder por otros más preparados en materia de administración y gobierno; es decir, con más conocimiento de las letras y de las cuentas. Se cambió de un gobierno militar a uno civil; además, a partir de 1535, el rey de España designó a un virrey como su representante en las tierras conquistadas. El primer virrey de Nueva España fue Antonio de Mendoza, quien vino para organizar una nueva estructura administrativa y restar poder a los conquistadores, en especial a Hernán Cortés.
La lucha de Fray Bartolomé de las Casas por mejorar las condiciones de los pueblos de indios fue fundamental para la decadencia del sistema de encomiendas. Este fraile dominico, antiguo encomendero en las Antillas, se percató de la situación de esclavitud en que vivían los indígenas. Fue hasta España a dialogar con el rey y lo convenció de prohibir las encomiendas. Las Leyes Nuevas de 1542, en las que se consideraba al indio menor de edad y se prohibió su esclavización, fueron el resultado de los esfuerzos de Bartolomé de las Casas y con ellas se logró limitar el poder de los encomenderos y prohibir nuevas encomiendas. Se fijó una tasa de tributos única para todos los indígenas; con el tiempo, los encomenderos desaparecieron y en su lugar el virrey puso a corregidores y alcaldes para que controlaran el trabajo indígena.