Todas las células eucariónticas contienen lisosomas, son vesículas con una estructura muy sencilla y están rodeados solamente por una membrana son un grupo de organelos intracitoplasmáticos que contienen alrededor de 50 enzimas hidrolíticas (digestivas) que degradan todas las moléculas inservibles para la célula, puede decirse que la función principal es la digestión intracelular o extracelular.
Funcionan como estómagos de la célula y además de digerir cualquier sustancia que ingrese del exterior (lisosomas secundarios o vacuolas digestivas), ingieren restos celulares viejos para digerirlos también, por tanto son llamados autofagosomas o vacuolas autofágicas o digestivas.Los lisosomas se distinguen de otros organelos por su morfología y por las funciones que desempeñan:
1) digieren alimentos y otros materiales incorporados por endocitosis (fagocitosis y pinocitosis)
2) digieren partes de la célula por el proceso de autofagia
3) digieren material extracelular por intermedio de enzimas que liberan en el medio circundante.
Cuando las células enferman, los lisosomas rompen su membrana y las enzimas encerradas en su interior destruyen toda la célula en un proceso denominado autolisis.
Actualmente se conocen unas 40 enzimas lisosómicas, todas ellas son hidrolasas ácidas del tipo de las proteasas, nucleasas, lipasas, fosfolipasas, fosfatasas, glucosidasas y sulfatasas. Las enzimas hidrolíticas de los lisosomas se forman a partir del retículo endoplásmico rugoso y posteriormente son empaquetadas por el complejo de Golgi, originándose así los lisosomas.