De las cabezuelas florales se extrae un aceite esencial rico en principios activos que dan a la planta acciones antiinflamatorias, antimicrobianas, antiespasmódicas, estrogénicas, carminativas (favorecen la expulsión de los gases del tubo digestivo, con lo que disminuyen las flatulencias y los cólicos) y digestivas. Es útil en trastornos ginecológicos, indigestiones, falta de apetito y gastritis.
Esta manzanilla tiene un efecto vermífugo, muy útil contra los parásitos intestinales, y fungicida. Se recomienda para los niños en edad escolar, que en vacaciones frecuentan colonias y campamentos, donde pueden aparecer parásitos intestinales. Los parásitos se trasmiten por la absorción a través del agua o de la alimentación, en forma de gusanos o lombrices que afectan al aparato digestivo y que pueden causar diarreas, calambres o picazón anal.
Se prepara una infusión mezclando en partes iguales flores de abrótano, sumidades de tomillo, tormentila y raíz de achicoria, que se utiliza para combatir las diarreas. También tiene propiedades desinfectantes. Se hierve durante 7 minutos una cucharada sopera de la mezcla y se deja reposar 5 minutos, tapado. Es el primer remedio casero que se utiliza cuándo hay un malestar digestivo.
Otra forma de administrar la manzanilla es una infusión que se prepara con media docena de cabezuelas de la planta, tirándolas en agua lo más caliente posible. Se aconseja tomar la mezcla en ayunas y se puede endulzar un poco con miel.
De uso externo, se utiliza sobre todo, en infusión para lavado de párpados en la conjuntivitis, blefaritis o inflamación. Muy útil para tratar los ojos irritados por el sol, el viento, o la "sana" costumbre de trasnochar.
Cuidado: hay indicios de una ligera toxicidad a dosis elevadas. Debe evitarse en casos de embarazo y lactancia.