Tal y como ha ocurrido en la sesión inaugural de libres, Mercedes y Red Bull encontraron pronto el ritmo, aunque esta vez ha sido Vettel el que ha marcado la pauta durante las primeras tandas con el compuesto Duro. Cuando llegó el momento del compuesto Medio, el piloto alemán permaneció en lo más alto de la tabla de tiempos, a pesar de que su primer intento no lo pudo aprovechar por la presencia de banderas amarillas provocadas por el trompo de Fernando Alonso.
Webber, finalmente logró quedar por detrás de Vettel, quien opta a lograr este fin de semana su cuarto título mundial consecutivo, mientras que Rosberg superó a su compañero de equipo Lewis Hamilton. Kimi Räikkönen terminó con el cuarto mejor crono después de trazar largo la Curva Dunlop y quedarse atrapado en la grava, superando a su compañero de equipo Romain Grosjean por dos décimas de segundo.
Hamilton se ha tenido que conformar con la sexta posición después de marcar el mejor crono en los Libres 1, el británico superó a Daniel Ricciardo de Toro Rosso. Las últimas posiciones del top ten las han ocupado Felipe Massa, Jenson Button y Alonso, el piloto ovetense sufrió el desliz antes comentado en Degner 2 poco después de cambiar al compuesto Medio.
Además hubieron otros incidentes con pilotos que buscaban los límites en el circuito de Suzuka. El de Sergio Pérez fue sin duda el más destacable, tras perder el control de la parte trasera de su McLaren e impactar a gran velocidad con el monoplaza de lado contra las barreras de la curva 13, mientras que Pastor Maldonado ha continuado con su nefasto inicio de fin de semana al quedarse atrapado en la trampa de grava de Degner.