El piloto de Red Bull, quien registró un tiempo de 1:30.915, se aprovechó de los problemas de KERS de su compañero de equipo Sebastian Vettel para superar a la alemán por 0,174 segundos. Lewis Hamilton fue tercero.
A medida que los pilotos restantes se acercaban a la Q3 era Vettel quien parecía tener más opciones, pero la repetición de los problemas que sufrió en el KERS en los Libres 3 abrió la puerta a sus rivales. Y con el alemán cometiendo además errores en ambos intentos cronometrados, Webber encontró el ritmo necesario para añadir un cuarto nombre a la lista de pole positions del año.
Aun así Vettel logró mantener en las últimas vueltas su puesto en la primera fila, con Hamilton pisándole los talones a menos de dos décimas. Grosjean continuó su estado de forma de los libres y se colocó en el cuarto puesto, mientras que Felipe Massa logró un margen de tres posiciones sobre su compañero del equipo Ferrari Fernando Alonso, siendo ambos intercalados por Nico Rosberg y Nico Hülkenberg.
Kimi Räikkönen obtuvo la novena plaza para Lotus, justo por delante de Jenson Button quien con el McLaren completó un top ten cubierto por menos de un segundo de diferencia. Sergio Pérez y Paul di Resta cayeron eliminados en la Q2.
La fase de apertura de la clasificación fue la que produjo el mayor incidente de la jornada, con Jean-Éric Vergne causando un breve período de bandera roja después de que los conductos de freno traseros de su Toro Rosso comenzaran a arder en llamas generandouna gran humareda sobre el circuito de Suzuka. El francés y su rival de Force India Adrian Sutil, que pierde cinco posiciones por sustituir la caja de cambios de su monoplaza, fueron los nombres más importantes en caer.
El piloto de Marussia Max Chilton lideró la particular batalla de la parte baja de la tabla y superó a los dos pilotos de
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