Los primeros asentamientos de Alcalá fueron hallados en el Ecce Homo, donde tribus prerromanas conocidas como carpetanos o carpesios ocuparon cabañas en lo alto del cerro desde la Edad de Bronce hasta la Edad del Hierro; estos convivieron con los romanos en una zona estratégica para el control del cruce de caminos, conocida como Complutum.
Complutum fue conquistada por los musulmanes, controlada por una fortaleza en los cerros de Alcalá de Henares durante unos ocho siglos: Tras la derrota del rey visigodo Rodrigo en la Gran Batalla de Guadalete en el 711dc por los árabes comandados por Tariq y Muza (considerada como la batalla donde se perdió España), los árabes entraron en la península ibérica extendiéndose por el norte durante 8 siglos.
Cuando Complutum es invadida por los sarracenos, los obispos de Alcalá emigraron a Guadalajara, pero la población pudo continuar viviendo en el Burgo de Santiuste, la parte derecha del río henares, más conocida como Alcalá La Vieja.Sus ejércitos consideraban mucho más fácil de defender la parte izquierda. Precisamente allí estaban los Cerros de Alcalá que eran los lugares preferidos por los emplazamientos militares, por eso allí se ubicó la fortaleza andalusí de Alcalá la Vieja llamada al-Qal’at abd al-Salam que derivó en Alkal’a Nahar (Alcalá de Henares).El castillo de Alcalá la Vieja fue, en un principio, una simple atalaya que los musulmanes construyeron, posiblemente en el siglo IX, para defender el camino fluvial del Henares ante el avance de los reinos cristianos por tierras de Al-Ándalus. Su posición estratégica le permitió dominar el paso de la importante ruta de comunicación entre Toledo y Zaragoza. Tras la conquista cristiana en 1118, la fortaleza pasó a manos de los arzobispos de Toledo. Su abandono definitivo se debió producir durante el siglo XVI.Durante el dominio árabe, crónicas musulmanas hablan del hallazgo del descubrimiento de que la Mesa de Salomón fue encontrada en la antigua Complutum por las tropas de Tariq, gracias a que descubrió una serie de túneles que llegaban desde la fortaleza de Alkal’a Naharhasta el cerro del Zulema (más conocido hoy como Cerro de San Juan del Viso). La Tabla o Espejo de Salomón (rey de Israel 978-931 ac) dice la leyenda que fue el rey Salomón quién escribió todo el conocimiento del Universo, la fórmula de la creación y el nombre verdadero de Dios: El Shem ha-meforash, que no debe escribirse jamás y sólo debe pronunciarse para provocar el acto de crear. Se afirma que tiene oculto mediante jeroglíficos del alfabeto sagrado el verdadero nombre de Dios y quien lo descifre tendrá el conocimiento absoluto. La mesa fue construida en el año 950 ac en Circa.Tras muchos avatares políticos y belicosos desde la destrucción del Templo de Jerusalén, la Mesa fue transportada por los visigodos derrotados por los Francos a Hispania, primero a Barcelona, después a Toledo y finalmente acabó enterrada en los cerros arcillosos de Alcalá.
Muza teniendo envidia de su lugarteniente Yabal Tariq por haber hallado tan fabuloso tesoro, decidió robar una de las 365 patas de la que se componía aquella Mesa de Salomón (una crónica bereber del siglo XI dice que es una mesa de ebanistería y joyería, compuesta de oro y plata, piedras preciosas, con tres cenefas de perlas y corales; cuyos bordes y sus 365 pies eran de esmeraldas engastadas). No obstante, ambos tuvieron que viajar a Damasco a rendir cuentas de su invasión al Califa Walid-I, por lo que se cree que fue traslada a Damasco, aunque pudo ser una estrategia para aparentar su traslado, dado que no hay documentos que hablen de la famosa mesa.
Al notar el Califa que a la Mesa de Salomón le faltaba una de las patas, condenó a Muza a que cuando muriera su espíritu vagara sin rumbo montado en una cebra por las cuevas y pasadizos del cerro del Zulema, que se interpretaría más tarde como << La Montaña del Rey Salomón >>.A modo de conclusión y dejando que cada lector saque sus propias conclusiones, dicha leyenda ha sido generacional de alcalaíno a alcalaíno, incluso fue recogida por el gran escritor Miguel de Cervantes en su obra magna “Don Quijote de la Mancha”, quien escribe en el capítulo XXIV: “Y aún haré cuenta que voy caballero sobre el caballo Pegaso, o sobre la cebra o alfana en que cabalgaba aquel famoso moro Muzaraque que aún hasta ahora yace encantado en la gran cuesta Zulema que dista poco de la gran Compluto.”Finalmente, el rey Alfonso VI tras conquista de Toledo en el año 1085, encargará al arzobispo toledano don Bernardo la toma de Alcalá.
Éste se apoderará de la antigua Complutum, pero no de la fortaleza a la que somete a asedio infructuosamente. No será hasta el año 1118 y por obra de don Bernardo cuando consiguió la rendición.
A la vez, se inicia la repoblación alrededor de la recién creada parroquia de los Santos Justo y Pastor, alzando la ermita de los Santos Niños, que con el tiempo pasó a llamarse Alcalá La Nueva o Alcalá de Henares.