En 1555 Besançon pasó a la corona de los Habsburgo junto con el resto del Franco-Condado. Carlos V respetó sus derechos adquiridos conservando ésta los derivados de ser Ciudad Imperial Libre.
La ciudad se gobernaba entonces a sí misma, aunque bajo tutela del Emperador, gracias a un consejo de 28 personalidades elegidas por sufragio universal y un consejo de 14 gobernadores designados por las personalidades. La independencia en las decisiones fue la razón para que el primer Camino Español (ruta del Duque de Alba en 1567) bordeara la ciudad sin detenerse en ella.
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