Son muchas las razones por las que en ocasiones necesitamos comparar archivos y directorios, en mi caso personal lo hago para comparar respaldos, puedes utilizar "diff" pero es grato saber que también hay una herramienta gráfica llamada "meld", el siguiente articulo muestra desde como instalarla hasta como usarla para comparar e inclusive para fusionar archivos y directorios.
http://xmodulo.com/diff-merge-files-directories-linux.html
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