Es recomendable hacer un respaldo de los archivos de nuestro sitio web por lo menos una vez al mes y de la base de dato al menos uno semanal.
Si tu Proveedor de Hosting te incluye Cpanel para administrar tu sitio, te resultará relativamente fácil realizar esta tarea.
Solo tienes que ir a Files / Backup Wizard, luego hacemos clic en el boton Backup, lo que nos llevará a una pantalla donde tenemos dos opciones, o hacer un Full Backup o un Partial Backup.
Con Full Backup, tendremos un solo archivo comprimido que incluirá la Base de datos y todos los archivos.
Con Partial Backup, tendremos un archivo comprimido ya sea de la Base de Datos o uno que contenga todos los archivos.

Una vez hagas clic en la opción que desees comenzara la descarga de dicho archivo, guardalo bien en tu computadora ya que será la luz cuando lleguen esos oscuros días :)
Yo en lo personal prefiero hacerlo parcial, de esta forma siento que tengo más control sobre el proceso.