Entrada a Manatí.
Manatí no es un municipio con ríos caudalosos. Sin embargo, seis atraviesan nuestro territorio o desembocan en sus bahías. Estos son: Manatí, Naranjo, Manzanillo, Las Cabreras, Yariguá y Ciego. Todos son de escaso caudal en la temporada de sequía, pero en época de lluvias se tornan peligrosos por lo bajo del terreno hacia la costa.El río Manatí nace en los alrededores de Macuto 3, atraviesa la zona de San Miguel 1 y desemboca en la bahía de Manatí. El río Manzanillo nace en río Blanco, Puerto Padre, recorre los campos de La Anacahuita, La Perla y La Guinea. Desemboca en la bahía de Manatí, aunque sus aguas están represadas en el embalse de Gramal, que tiene una capacidad de 28 millones de m³.
Río Yariguá
El río Yariguá nace en la localidad del mismo nombre, que está ubicada en el municipio Las Tunas, en la intersección con el río Ciego. Popularmente se le conoce aquí como río La Gallina. También desemboca en la bahía de Manatí. El río Ciego surge en la zona del Kilómetro 36 de la Carretera Vieja hacia Las Tunas. Se le conoce también como La Caridad, especialmente en áreas de esa localidad manatiense. Se une al Yariguá y sus aguas van hacia la bahía de Manatí.Río Las Cabreras
El río Las Cabreras tiene en su origen varios afluentes que son intermitentes, pero el principal nace en la localidad del mismo nombre en la provincia de Camagüey. Pasa por Las Nuevas y Los Mameyes hasta desembocar en la bahía de Nuevas Grandes. El río Naranjo surge en el barrio Naranjo La Breñosa, ubicado en el kilómetro 20 de la carretera Puerto Padre-Las Tunas. Sus aguas se encuentran represadas en el embalse de Diego Felipe y atraviesa el 30 de Velasco, Pito 4 y Los Yayales, comunidades puertopadrenses, pero desemboca en el estero Manatí Viejo de la bahía de Manatí.Junto a estos seis ríos, nuestro municipio cuenta con tres embalses. Además del Gramal, está el Yariguá con capacidad de 22,6 millones de m³ y el Ciego, que tiene 21,3 millones de m³.