Entre 1521 y 1535, el gobierno de la Nueva España se fue construyendo, primero a partir de las iniciativas de los conquistadores y misioneros para luego dejar paso a instituciones más centralizadas. Luego de la caída de Tenochtitlan en 1521, los conquistadores no tenían muy clara la forma en cómo gobernar los nuevos territorios, a la vez que se iban extendiendo hacia el Norte, Occidente y Sur de lo que hoy es México. Por eso sólo cambiaron al receptor de los tributos de los pueblos antes controlados por los aztecas; de forma que los tributos no serían ya para el tlahtoani mexica, sino para el rey de España. Es decir, los conquistadores españoles adaptaron el sistema mexica de dominación tributaria, en el sistema de encomiendas, donde además se enseñaba a los indígenas la civilización europea y la religión católica.
Las encomiendas reprodujeron las aspiraciones de los conquistadores españoles que esperaban hacer de las tierras conquistadas, una “Nueva España” en América; en el sentido de que querían crear una “nueva” sociedad española en América, como la de los tiempos medievales, donde ellos recibieran el crédito por haber conquistado dichas tierras para la Corona de Castilla.
En 1524 llegaron los doce frailes franciscanos, y más tarde de otras órdenes religiosas, cuya misión era la de evangelizar a los nativos. Estos religiosos proyectaban crear una utópica sociedad novohispana, en comunidades indígenas alejadas de los europeos, que vivieran con la sencillez de los cristianos primitivos, y con los valores del Humanismo europeo, a la vez que se protegía a los indios de los abusos de los españoles.
Poco a poco llegó la autoridad monárquica a las regiones conquistadas, lo que en muchas ocasiones chocaba con los intereses de los conquistadores y misioneros. Esta autoridad se enfrentó a diversas situaciones, que obligaron a la Corona a crear un cuerpo de gobierno jurídico que resolviera los problemas que iban surgiendo en la población novohispana. De esta forma se fundó la Real Audiencia de México en 1527, en lo que ya se puede considerar como la primera forma de gobierno formal de Nueva España, puesto que intentaba regular las relaciones existentes entre los encomenderos, los misioneros, los españoles civiles y los indígenas, a la vez que administraba otros asuntos. Pero esta Primera Audiencia cometió muchos abusos y arbitrariedades, por lo que fue sustituida por una Segunda Audiencia mejor organizada, que de alguna forma, mejoró la situación entonces existente, hasta que en 1535 se fundó el Virreinato de Nueva España, sistema de gobierno en el que el virrey gobernaba directamente en nombre del rey. Con ello se creó un gobierno más eficiente, que ya no buscaba resolver los problemas que iban apareciendo, sino uno que a largo plazo hiciera más palpable el control de España, haciendo fracasar el proyecto utópico de los misioneros e imponiéndose sobre las encomiendas.
Esta evolución respondía al hecho, de que la Corona española no encontró rápidamente la forma adecuada para gobernar sus dominios americanos, y para ello recurría a soluciones temporales que resolvieran los asuntos que iban apareciendo. Sin embargo, la geografía impedía que la autoridad virreinal se impusiera en todos lados, por lo que en muchas ocasiones existían poderes independientes de cualquier autoridad o ley. Fuera por las distancias, las diferencias culturales o por las dificultades que tuviera la misma monarquía en Europa, la imposición de la autoridad española no fue total, de ahí que se dijera: “La ley se obedece, pero no se cumple”.