El negocio de los secuenciadores de ADN

La secuenciación consiste en determinar el orden de las unidades químicas de ADN, que se conocen como bases y por lo general están representados por las letras A, C, G y T. El orden de estas bases ayuda a determinar rasgos heredados, como la susceptibilidad a algunas enfermedades.

La secuenciación del ADN se está convirtiendo en  algo  rápido , más barato. y ahora, también es cada vez más pequeño.

La secuenciacion  de ADN podría ayudar a los médicos a secuenciar genes en la cama de un paciente, los biólogos de vida silvestre para estudiar los genes en el campo, o los inspectores de alimentos para identificar los agentes patógenos.“Usted no tiene que comprar los instrumentos,” Clive G. Brown, el director de tecnología de la empresa, Oxford Nanopore Technologies, dijo en una entrevista. “Es pay-as-you-go de secuenciación”.

 Universidad de Oxford

Una compañía británica de hecho ha anunciado recientemente  que a finales del año comenzaría a vender un dispositivo de secuenciación de genes desechable que es del tamaño de un lápiz de memoria USB y se conecta a un ordenador portátil para entregar sus resultados.El dispositivo, que se espera que cuestan menos de $ 900, podría permitir a pequeños trabajos de secuenciación a ser realizados por investigadores que no pueden pagar los $ 50.000 a 750.000 dólares necesarios para comprar una máquina de secuenciación.

Oxford presentó detalles del dispositivo, así como de un nuevo secuenciador, algo más grande que también planea comenzar a vender a finales de este año, a los avances en Genome Biology y conferencia de tecnología en Marco Island, Florida., Que se ha convertido en la industria de secuenciación alarde festival anual.

Tanto la pequeña Minion y el mayor GridIon ven probable que sean los primeros secuenciadores para utilizar la secuenciación de nanoporos, en el que se lee una cadena de ADN, ya que se tira a través de un agujero microscópico, como una especie de fideos se sorbió con los labios redondeados.

En 2009, invirtió $ 18 millones en Oxford Nanopore, y es dueño de una participación de 15 por ciento. Pero Illumina no tiene los derechos de comercialización a las máquinas . Más bien, tiene el derecho a una tecnología de Oxford alternativa que está más atrás en el desarrollo.Illumina acciones cayeron casi un 4 por ciento el viernes para 51,82 dólares, mientras que las acciones de la vida cayeron casi un 8 por ciento, a 45,92 dólares.

A medida que el costo se desploma, la secuenciación está pasando de los laboratorios de investigación en la atención al paciente. Algunos de cáncer de centros, por ejemplo, genes de secuencia para determinar los mejores medicamentos para su uso.

La creciente importancia de la secuenciación en la atención médica se lo que motivó a Roche para hacer su actual $ 5700 millones oferta hostil para adquirir Illumina .Conocido sobre todo para los productos farmacéuticos , Roche también tiene un negocio de diagnóstico de gran tamaño.

Secuenciación de nanoporos es fácil de imaginar, pero ha sido engañosamente difícil de llevar a cabo, a pesar de dos décadas de investigación por universidades y empresas.

Oxford, que se celebra y se basa en la tecnología desarrollada por un profesor de la Universidad de Oxford en privado, utiliza poros elaborados a partir de proteínas bacterianas. Una corriente eléctrica fluye a través del poro. Las bases interrumpen la corriente en diferentes formas a medida que avanzan a través de este.

Las máquinas iniciales GridIon tendrán 2.000 poros pero mas adelante  tendrán 8.000 poros.

Una gran ventaja de la secuenciación de nanoporos, Dr. de la Universidad de Washington Mardis dijo, es que la preparación de la muestra es rápido y fácil. La tecnología también ofrece la promesa de ser capaz de leer decenas de miles de bases en un tramo. La mayoría de los secuenciadores leer desde alrededor del 30 a unos cuantos miles de bases de un tirón, y estos pequeños fragmentos entonces tendrá que ser reconstruido.

Un inconveniente es que la máquina Oxford tiene una tasa de error de 4 por ciento, demasiado alta para muchas aplicaciones, incluyendo el diagnóstico.

El siervo, mientras que conlleva ningún costo de capital para una máquina, se puede utilizar una sola vez y será secuenciar hasta mil millones de bases. Eso es un costo de hasta $ 1,000 por cada mil millones de bases.

Un GridIon podría costar alrededor de $ 30.000, dijeron ejecutivos de Oxford. La compañía dijo que si se utilizaron 20 de los GridIons de segunda generación en conjunto, un genoma humano podría ser secuenciado en 15 minutos a un costo de alrededor de $ 1.500.

Para entonces, sin embargo, las máquinas rivales podrían ser capaces de hacer que los genomas de coste o incluso menos. Ion Torrent, una subsidiaria de Life Technologies, anunció el mes pasado que estaba desarrollando una máquina que pudiera hacer un genoma humano en un día por $ 1.000.

Universidad de Otago

Un dispositivo de diagnóstico revolucionario de mano y de baterías de ADN inventado en la Universidad de Otago está a punto de convertirse en una herramienta de campo de uso común para la detección rápida de sospechosos de virus o bacterias en las muestras a la vez que la determinación del nivel de infección.

El dispositivo de avance, apodado Freedom4, se aprovecha de una tecnología llamada PCR cuantitativa para identificar secuencias de ADN diana, en tiempo real, sin necesidad de procesamiento adicional.

Como ejemplo, usando Freedom4, la presencia y extensión de la infección por norovirus en una muestra se pudo confirmar en menos de una hora, mientras que la persona que utiliza la unidad estaba todavía en el sitio de brote.

Dr. Jo-Ann Stanton, quien dirigió el programa para desarrollar el dispositivo, dice que además de permitir ‘en cualquier momento y en cualquier lugar “diagnóstico clínico de enfermedades infecciosas virales en humanos y animales, sino que también tiene muchos otros usos potenciales, como la seguridad fronteriza, argumentación y monitoreo ambiental.

Desarrollado por el equipo multidisciplinario del Dr. Stanton en el Departamento de Anatomía de Otago, la unidad robusta pesa lo mismo que un portátil normal y cabe en la palma de su mano ( es del tamaño similar a un ladrillo) . Freedom4 cuenta con una duración de la batería de seis horas y puede ser atado a un ordenador portátil o conectarse de forma inalámbrica a teléfonos inteligentes o tabletas que ejecutan el software personalizado que analiza e interpreta los resultados de la prueba.

“Esta movilidad podría proporcionar una gran ayuda para los agricultores. Por ejemplo, los veterinarios pueden conducir por una granja de análisis de muestras de varios lugares, hacer sus diagnósticos y tratar a los animales -todos infectados en un solo viaje “, dice ella.

Un prototipo del dispositivo se ha puesto de forma independiente a través de sus pasos por el Instituto de Nueva Zelanda de Medio Ambiente e Investigación Científica. Después de ejecutar ensayos para E. coli productora de toxina, y varios gastrointestinal y los virus respiratorios, incluyendo H1N1-Freedom4 fue encontrado para llevar a cabo a la par con los sistemas de análisis del ADN basadas en el laboratorio mucho más grandes.

Dr. Stanton dice que ella y su equipo están encantados de que su proyecto de seis años para hacer un dispositivo de diagnóstico de mano de punto de atención en una realidad ha llegado a buen término.

“Estamos inmensamente orgullosos de que hemos creado este dispositivo brillante; actualmente no existe ningún otro sistema en el mundo que se compara en términos de la potencia analítica que hemos logrado en este nivel de movilidad y facilidad de uso “.

El equipo del Dr. Stanton incluye un físico, programador de computadoras, un químico y biólogos. Su proyecto fue financiado a través de un nuevo Fondo de Investigación de Economía (NERF) a partir de lo que hoy es el Ministerio de Negocios, Innovación y Empleo. NERF objetivos incluyen la investigación básica iniciada por el investigador de apoyo que tiene el potencial para crear las plataformas tecnológicas avanzadas que servirán de base a industrias nuevas y emergentes.

Brazo de comercialización de la universidad, Otago Innovación, ahora está trabajando para hacer girar la tecnología en asociación con una empresa de Nueva Zelanda llamado Ubiquitome .

Mayor Comercialización Gerente David Christensen de Otago Innovación dice que el desarrollo de Freedom4 ejemplifica la investigación universitaria siendo traducido con éxito en la tecnología del mundo real con un enorme potencial para la salud, económico y beneficios medioambientales.

“Dr. Stanton y sus colegas han utilizado su experiencia multidisciplinar combinado para superar una serie de desafíos técnicos enormes proporciones para crear un dispositivo de diagnóstico molecular que es realmente líder en el mundo,” dice el Sr. Christensen.Es otro gran ejemplo de la transferencia de tecnología de la Universidad de Otago, dice.

“Estamos encantados de ser parte de Ubiquitome ya que trabaja para hacer realidad su sueño de conectar el mundo de la información genómica significativa a través de mano, cloud-conectado dispositivos de análisis genéticos.”