Los católicos sentían que la Iglesia era un barco que transitaba por aguas peligrosas, y por falta de decisión muchos se habían bajado de la nave, para navegar por su lado, queriendo llegar al mismo destino (Cristo), sin guía espiritual; de tal forma que para poder regresar a estos hermanos separados, a la fe católica, la llamada Contrarreforma católica, se centró en:
- La revisión de la doctrina católica, discutiendo aquellos puntos que eran cuestionados por los protestantes
- Revisión de la Biblia
- Fundación de seminarios, para la preparación adecuada de los futuros sacerdotes
- Reestructuración de las órdenes religiosas
- Vigilancia de los movimientos espirituales, como los místicos españoles y franceses.
De esta manera, el papa Pablo III convocó en 1545 (hasta 1560), a un conciclio ecuménico en la ciudad alpina de Trento: el Concilio de Trento. Que entre otras cosas:
- Confirmó el Credo y la Doctrina católica, incluyendo los Sacramentos, el culto a María y los santos y el papel de la Iglesia
- Confirmó el papel de la Tradición apostólica y la Biblia
- Reforzó la autoridad pontificia
- Ordenó la obligación de evangelizar en días festivos
- Revaloró las obras de penitencia: oración, ayuno y caridad
- Reformó la liturgia
- Institución de seminarios, para la formación de los futuros sacerdotes
- Ordenó que los obispos vigilen las parroquias de sus diócesis frecuentemente
- Administrar los bienes terrenales de la Iglesia y castigo a quienes abusen de ellos; así como el fortalecimiento del Tribunal de la Inquisición
Además de los puntos antes mencionados, la Contrarreforma católica, se valió del apoyo de órdenes religiosas como la española Compañía de Jesús, fundada en 1540 por san Ignacio de Loyola. Sus
miembros, los jesuitas se organizaron militarmente y penetraron en regiones protestantes, consiguiendo que gobernantes y gobernados regresaran al seno de la fe católica. También realizó una nueva revisión de las Santas Escrituras, es decir que tradujo nuevamente la Biblia y revisó nuevamente el Canon de libros, en contraposición al Canon luterano, luego de rechazarla completamente.La Contrarreforma católica también se valió del arte, gracias a las nuevas definiciones litúrgicas, cuyas aplicaciones llegaban a la música sacra y el valor de las imágenes en el culto cristiano; se difundió el arte barroco, cuya decoración y emotividad pretendían llegar a los sentidos del espectador, y así "evangelizar a los sentidos". Además de san Ignacio de Loyola, destacaron otros religiosos españoles como santa Teresa de Ávila, san Juan de la Cruz o san Francisco Javier; y algunos papas como Gregorio XIII, quien reformaría el calendario juliano, formando el gregoriano que usamos actualmente, para hacer más eficaz el cómputo del tiempo para lo sacro y lo profano.
Gracias a la Reforma católica, el Catolicismo recuperó algunos de sus antiguos fieles (Francia, Europa central), pero no logró vencer por completo al Protestantismo y sus efectos sociales y políticos, de modo que este se reservó varios países del Norte de Europa (actuales Alemania, Suecia, Noruega, Inglaterra, Países Bajos, Escocia), en gran medida porque muchos monarcas ya no veían al Papa como un líder espiritual, sino solo como rival político, y por tanto, hacerse de los bienes materiales de la Iglesia romana al fundar sus propias Iglesias, como en el caso anglicano.