Cuba es un país con gran diversidad de especies de plantas y animales endémicos de gran interés. Algunas de estas especies se han visto amenazadas debido a acciones antrópicas provocadas fundamentalmente por contaminación ambiental causadas por plaguicidas, vertimientos de aguas residuales de industrias, mal uso de cuencas hidráulicas que puede ocasionar eventualmente represamiento en zonas costeras, lo que puede alterar el ciclo de vida de especies marinas.
Dentro de estas especies podemos mencionar especies marinas y terrestres, como el camarón rosado, el manatí, el cocodrilo, el almiquí, la jutía conga, el zunzún, el flamenco rosado, la iguana, el tocororo, entre los de mayor importancia.
Algunos ecosistemas marinos, como manglares, estuarios, arrecifes de coral, pastos marinos, lagunas costeras, entre otros se encuentran vulnerables y deprimidos. Lo que puede afectar a especies que se refugian de sus depredadores o utilizan los mismos como hábitat natural.
El Sistema Nacional de Áreas Protegidas, toma medidas estratégicas para proteger tanto los ecosistemas como las especies de animales que se asocian a estos, mediante programas de educación ambiental, proyectos de investigación con enfoque eco-sistémico para el uso de recursos naturales de manera sustentable, leyes de pesca, desarrollo de la acuicultura incrementando el cultivo de peces, incremento de granjas de esponjas y ostrícolas. El cultivo de este último recurso, sugiere el uso de colectores artificiales para no extraer el mangle y la introducción de este nuevo método ha obtenido buenos resultados tanto en el incremento de ostiones, como en su calidad.
Existe un libro rojo o lista roja de especies endémicas amenazadas con diferentes categorías según su nivel de riesgo establecidas por la UICN para su cuidado y protección.
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