La estación de Peñahorada fue el final del primer tramo inaugurado en la parte norte del SM: Burgos-Peñahorada, el 25 de agosto de 1928.El 30 de Septiembre de 1984 el Consejo extraordinario de Ministros decide el cierre de la linea y el 1 de Enero de 1985 a las 0 Horas deja de prestar servicio la linea. El 20 de octubre de 1995 se acuerda en el Consejo de Ministros la autorización de levante de vías. El recorrido de la línea era de Burgos a Cidad-Dosante