Pompeyo tenía 57 años al inicio de la guerra civil y llevaba más de 13 años sin asumir el mando en un campo de batalla. Desde que huyese de Italia por Brundisium con la mayor parte del Senado en Marzo del 44 a.C, había empleado toda su habilidad organizativa en poner en pie un ejército con el que obtener la victoria final sobre Cesar. Para ello utilizará todos sus contactos a lo largo de todo el Mediterráneo Oriental, para conseguir hombres y recursos, para proveer a sus tropas de alimento, paga, armamento y equipo, para completar sus efectivos con tropas auxiliares y aliadas. Pompeyo contaba con nueve legiones y una mezcla de tropas compuesta por unidades recién reclutadas en Grecia y Asia, así como de una fuerza especialmente numerosa de caballería. Dedicará varios meses a la instrucción de este gran ejército, consiguiendo poco a poco formar un poderoso y efectivo ejército.
Mientras tanto, Cesar, ocupada velozmente Roma y tras sólo once días como dictador, renuncia a su cargo y se dirige a Brundisium donde ya estaban concentradas sus tropas. Contaba con doce legiones (unos 25.000 hombres) un tanto mermadas por las bajas y las convalecencias de la reciente campaña hispana. Con ellas se disponía a cruzar el mar y desembarcar en Grecia pero a pesar de los esfuerzos titánicos de sus legados, había una enorme escasez de barcos de transporte y la flota de Cesar sólo tenía capacidad para transportar un máximo de 15.000 hombres y 500 jinetes con sus monturas. Todos deberían viajar con el mínimo imprescindible. Con esta capacidad, sería necesaria más de una travesía Para trasladar al ejército al completo a Macedonia y ello comportaba un gran riesgo ya que la cabeza de puente podía ser aplastada y expulsada al mar por el enemigo antes de que llegase el resto del ejército. Además, los pompeyanos contaban con una inmensa flota de guerra compuesta por unos 500 barcos, al mando de la cual se encontraba Marco Calpurnio Bíbulo, situada a lo largo de la costa adriática oriental que podía interceptar fácilmente cualquier flota invasora. Para empeorar las cosas, la flota de guerra cesariana contaba sólo con 12 barcos de guerra, una fuerza a todas luces insuficiente para escoltar los buques de transporte. Hasta el 4 de enero Cesar no pudo zarpar por el mal tiempo, pero la mañana del 4 de enero del 48 a.C, la flota cesariana partió de Brundisium, arribando sin novedad a Paeleste, en la costa de Epiro, sin oposición de ningún tipo.Dada la época del año, las legiones de Pompeyo estaban desperdigadas en sus cuarteles de invierno y la armada de Bíbulo no se encontraba preparada, pero una vez descubierta la maniobra de Cesar, este cortó toda comunicación por mar con Italia, por lo que el resto del ejército y los suministros no pudieron seguir al ejército de desembarco. Cesar contaba en tierra con siete legiones, con unos efectivos medios de 2140 hombres por legión y unos 500 jinetes; además no había conseguido transportar grandes cantidades de comida, por falta de espacio en los barcos. No obstante Cesar había capturado algunos depósitos con reservas del enemigo y pronto la mayor parte del Epiro se había unido a Cesar que gracias a ello logró establecer una base de operaciones y abastecimiento para sus tropas.El 10 de Abril, Marco Antonio logró desembarcar con el resto del ejército, cerca de Lissus: 4 legiones y 800 jinetes. La reacción de Pompeyo fue demasiado lenta y las fuerzas cesarianas se unieron. Aunque aun estaba en inferioridad numérica, Cesar había conseguido reforzar su ejército y suplía esa inferioridad numérica con la gran calidad y experiencia de sus legionarios veteranos. Con su ejército reforzado, lanzó su ofensiva sobre el principal almacén de suministros pompeyano, Dyrrachium (actual Durazzo) un gran puerto comercial; era crucial capturar este importante objetivo. Su ofensiva fracasará y decidirá retirarse en buen orden hacia el interior, alejándose de la costa y de Pompeyo que no se lanzó tras él ya que esperaba la llegada de Escipión y sus dos legiones sirias. A lo largo del repliegue cesariano, las caballerías de ambos bandos se enfrentaron en varias escaramuzas, en las que siempre salieron vencedores los hombres de Cesar, gracias a una combinación de caballería apoyada por soldados seleccionados de infantería. Durante varios días, ambos ejércitos se invitaron mutuamente a plantear combate, formando frente al enemigo, sin éxito. Sin éxito, hasta la mañana del 9 de Agosto del 44 a.C. Cesar se dispone a levantar su campamento en la llanura de Farsalia e iniciar la marcha, desconocedor de que Cneo Pompeyo Magno está avanzando, descendiendo la pendiente sobre la que está levantado su campamento, hacia la llanura, decidido, por fin, a atacar. Podía haber vencido a Cesar por hambre, pero deseaba la gloria de una batalla y el grupo senatorial que estaba con el, la deseaba aun mas, si es que esto era posible.La llanura de Farsalia era amplia y despejada y estaba cerrada en uno de sus lados por el río Eunipeo. Pompeyo había escogido para instalar su campamento la ladera oeste del monte Dogandzis que se proyectaba hacia el río. El lugar ofrecía ventajas para Pompeyo: la posición de su campamento era muy buena para la defensa al ocupar un alto de la ladera y la zona donde las laderas meridionales del Dogandzis bajaban hacia el río eran ideales para una maniobra de flanqueo de la caballería. La llanura de Farsalia era demasiado estrecha para formar adecuadamente un ejército del tamaño del de Pompeyo y además, el norte estaba ocupado por el monte. El terreno, que a simple vista favorecía a Pompeyo, en realidad jugó a favor de César gracias a su análisis más meticuloso y profesional.Así pues, Pompeyo desplegó su ejército situando a su flanco derecho sobre el río, con una pequeña fuerza de 600 jinetes con respaldo de infantería ligera y tropas aliadas. A su lado la fuerza principal compuesta por 11 legiones (110 cohortes) desplegadas a la manera tradicional en triple acies, en tres líneas. Las mejores legiones se repartieron entre los flancos y el centro y la Primera y la Tercera, ambas veteranas de Cesar en las Galias, defendiendo el flanco izquierdo. Cada cohorte se organizó en base a una formación muy cerrada de diez en fondo, una formación mucho más apretada de lo normal que aunque favorece a los soldados sin experiencia para que soporten el combate (sólo una pequeña proporción de soldados llega a combatir) impide a los hombres de las últimas filas lanzar correctamente sus pila. La infantería auxiliar pompeyana incluía varias cohortes españolas con las que formó una legión auxiliar, además de arqueros y honderos. Dejará 7 cohortes como guarnición en el campamento.Las tropas recibirán orden de defender sus posiciones ya que Pompeyo pretendía inmovilizar a la infantería de Cesar y resolver la batalla con su caballería, 6400 jinetes de los 7400 con los que contaba, situados en el flanco izquierdo bajo el mando de Labieno. Esta caballería debía derrotar a la caballería cesariana (a la que superaba ampliamente en número) y acto seguido, atacar el flanco y la retaguardia de Cesar. Pero a diferencia de César, Pompeyo prefirió la cantidad a la calidad y la mejor muestra de ello fue este enorme cuerpo de caballería que, en realidad, no era más que una gigantesca masa multinacional de caballos y jinetes cuyo valor táctico era una incógnita. Es importante recordar que Pompeyo siguió a César desde Dyrrachium hasta Farsalia (y hay un buen trecho) sin que sus 7.000 jinetes consiguieran, no ya derrotar a la columna cesariana, sino ni siquiera entorpecerla. Algo que Labieno debería haber meditado. El ala derecha estaría bajo el mando de Afranio, Metelo Escipión en el Centro y Domicio Ahenobardo en la izquierda.Cesar formará su ejército dejando el río a la izquierda; contaba con 80 cohortes incompletas y no menos de 22.000 hombres, formados en tres líneas al igual que Pompeyo, aunque de menor profundidad, cuatro o cinco en fondo. Encomendó los flancos a sus mejores unidades, con la décima a la derecha en el lugar de mayor honor y la izquierda defendida por una formación conjunta de la novena, que había sufrido enormes pérdidas en Dyrrachium, y la octava. Marco Antonio estaba al frente del ala izquierda, Cneo Domicio Calvino del centro y Publio Sila de la derecha, aunque era un mando más bien nominal ya que el propio Cesar se mantuvo durante toda la batalla en el ala derecha. Sólo disponía de 1000 jinetes situados con la décima para hacer frente a la concentración pompeyana en el flanco izquierdo. Tan evidente le resultaba a Cesar el plan de Pompeyo que durante el despliegue, ordenó que seis cohortes de la tercera línea se trasladasen a una posición tras su ala derecha, formando una cuarta línea colocada en sentido oblicuo. Con el ajetreo del despliegue de tropas, esta línea permaneció oculta para los pompeyanos, que no se percataron de su existencia.Tras varias horas de maniobras, terminado el despliegue de ambos bandos, la primera línea de cada ejército se encontraba a apenas un kilometro de distancia. Comienza la batalla. Las tropas de Cesar inician su avance a buen ritmo y en orden, mientras los pompeyanos permanecen inmóviles, algo con lo que los centuriones de Cesar no contaban por lo que los cesarianos corrían el riesgo de lanzarles sus pila demasiado pronto por lo que detienen sus tropas, se reorganizan con calma y reanudan el avance acelerando por segunda vez para arrojar sus pila tras lo cual, cargan contra los pompeyanos que aguantan bien sus posiciones, comenzando la lucha a lo largo de toda la línea.En ese momento, Labieno se lanza con su caballería seguida por la infantería ligera (que espera el momento de realizar el flanqueo y lanzarse contra la retaguardia de las legiones) tal como estaba previsto contra los jinetes de Cesar, que ceden terreno retirándose de forma deliberada. Rechazada la caballería cesariana 6.400 jinetes de diversas razas y origen, sin experiencia como unidad, se apretujan en un pequeño espacio desapareciendo el orden en sus filas. Labieno perdió el control de su caballería, degenerando en un tumulto desordenado justo en el momento en el que Cesar ordena avanzar a su cuarta línea, sosteniendo sus pila como lanza de cuerpo a cuerpo contra la caballería en lugar de arrojarlas. Este avance produce la desbandada de la caballería pompeyana hacia la retaguardia, siendo la infantería ligera que la acompañaba, atropellada por su propia caballería en su huída, completamente aniquilada. Probablemente Pompeyo pensó que su caballería conseguiría reagruparse y contraatacar. Pero los jinetes que regresaron no fueron los suyos, sino los de César, para cargar contra la retaguardia del ala izquierda pompeyana mientras Pompeyo Magno observa boquiabierto la huida de sus jinetes, pero no puede hacer nada, ya que no ha previsto una reserva táctica. Marco Antonio dirige con eficacia el ala izquierda de César donde los infantes auxiliares cesarianos se baten duramente contra los legionarios de Pompeyo, demostrando que un soldado bien preparado y mandado puede enfrentarse a cualquier enemigo.Así pues, derrotada completamente la caballería de Pompeyo, Cesar gira para golpear el flanco izquierdo pompeyano y a lo largo de la línea de combate, la infantería cesariana redobla el avance ganando terreno. En este momento, Cesar ordena a sus reservas intervenir y las líneas de Pompeyo comienzan a desintegrarse poco a poco, hasta que comienza la desbandada general. La resistencia pompeyana se derrumba. En realidad con la retirada de la caballería pompeyana terminó la batalla de Farsalia para comenzar la masacre de Farsalia: los cesarianos masacraron a los infantes ligeros pompeyanos que lo único que pudieron hacer fue morir en cuestión de minutos sin ninguna posibilidad no ya de frenar la embestida cesariana, sino ni siquiera de defenderse físicamente. Y tras los infantes ligeros vinieron los legionarios pompeyanos, atrapados por delante por las legiones de César, por un flanco por sus propios compañeros de las otras legiones, por otro por las ocho cohortes y por detrás por la caballería de César. El legionario romano necesitaba al menos un metro cuadrado para maniobrar y si las filas se cerraban comprimiéndose, el espacio entre cada legionario se reducía impidiéndole maniobrar. Miles de legionarios romanos murieron en Cannas sin ni siquiera poder levantar su escudo para defenderse, apretados unos contra otros como ovejas en el matadero. En Farsalia, toda el ala izquierda pompeyana fue comprimida, aplastada por los cuatro costados, por lo que la matanza en aquella zona fue terrible.Aunque Domicio Ahenobardo muere en la lucha la mayoría de los mandos pompeyanos huyen. El propio Pompeyo Magno, tras el fracaso de su caballería, regresa a su campamento, toma de su tienda las insignias de general y se da a la fuga, un comportamiento tremendamente deshonroso para un general romano. Cesar había perdido 1200 hombres frente a los 10.000 de Pompeyo. Que los pompeyanos tuvieran casi cinco veces más bajas que los cesarianos es la consecuencia de la carga de las ocho cohortes contra el flanco que comprimió sus líneas y la huida alocada que se tradujo en una verdadera carnicería al encontrarse los fugitivos atrapados entre el enemigo y sus propias fortificaciones. Las tajantes órdenes de César de respetar la vida de los enemigos que se rindieran en combate impidieron que las bajas pompeyanas fuesen mucho mayores.De este modo se decidió quien de los dos era el mayor general, pero la decisión no era la que había esperado Pompeyo que tras la derrota de Farsalia, no hará ningún esfuerzo por volver a alzar en armas un ejército, huyendo a Egipto donde encontrará la muerte.
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