Hace ya tiempo comenté aquí cómo dar soporte a este nuevo tipo de sistema de archivos en Ubuntu y Linux.
Ahora, si queréis seguir accediendo a todo ese mundo de compatibilidad con millones de dispositivos de almacenamiento, la mejor forma de formatear esas tarjetas en Ubuntu es con el siguiente comando:
sudo mkfs.exfat -n /dev/sdbX
Donde es el nombre que quieres darle a tu tarjeta y sdbX es el punto de montaje del soporte que arroja:
sudo fdisk -l
Quedando por ejemplo algo como esto:
sudo mkfs.exfat -n GOPRO /dev/sdb1