A lo largo de su historia, la Masonería ha sido víctima de numerosos atropellos por parte de Gobiernos que encuadran con la definición de totalitarismos. Estos atropellos han ido desde la simple prohibición de reunirse, pasando por las penas de prisión y llegando hasta la pena de muerte (por el simple hecho de ser Masón).
Europa ha sido en la principal zona geográfica donde tuvo lugar la represión del Totalitarismo contra la Masonería. La Masonería ha sido acusada simultáneamente de ser afín al comunismo y al capitalismo burgués, según fuese un totalitarismo de derechas o izquierdas.
Antes de la llegada del nazismo, la masonería alemana era la segunda más importante del mundo tanto en número de logias como en número de masones. En los años 30 existían 10 Grandes Logias que consistían de 690 logias y alrededor de 70.000 masones.
En 1937 el régimen nazi de Alemania declara a la Masonería "enemiga del Estado", los archivos y la propiedad de la masonería fueron confiscados. Muchos masones fueron enviados a los campos de concentración por el simple hecho de ser masones.
Los registros preservados por el Reichssicherheitshauptamt muestran la persecución que sufrieron los masones. A pesar que no se sabe con certeza el número exacto, se estima que entre 80.000 y 200.000 masones fueron exterminados por el régimen nazi, en la Europa conquistada o influida por los nacional-socialistas.
En 1948 la pequeña flor de color azul llamada "no-me-olvides" fue adoptada como signo distintivo masónico en la primera Convención Anual de la Gran Logia Unida de Alemania de Masones Antiguos Libres y Aceptados. Hoy día sigue usándose en memoria de aquellos que han sufrido en nombre de la masonería, especialmente en Alemania durante el Tercer Reich.
En Mein Kampf, Adolf Hitler escribe que la masonería ha "sucumbido" a los judíos y se ha convertido en un "excelente instrumento" para combatir por sus intereses y para usar sus "hilos" para tirar del nivel superior de la sociedad en pro de sus designios. Él continúa, "La parálisis general del instinto de auto-preservación nacional de la sociedad empezó por causa de la masonería"
La masonería fue prohibida en todas las naciones aliadas con los nazis o bajo su control; incluidas Japón, Noruega y Francia.