I. Sobre la transición de los organismos dotados de repro...

I. 
Sobre la transición de los organismos dotados de reproducción asexual a aquellos capaces de reproducción sexual: 
1) Es en extremo improbable, rayando lo imposible, que la mutación que conduce a la meiosis se dé simultáneamente en dos individuos de la misma especie y de la misma población, los cuales, además, deberían poseer un instinto reproductivo y consumarlo. Tal hipótesis debe en consecuencia descartarse.
2) Si la meiosis se da en un solo individuo hermafrodita, ello le provoca una importante desventaja evolutiva (mayor complejidad en la reproducción, menor probabilidad de éxito reproductivo, mayor vulnerabilidad del organismo procreante) y ninguna ventaja a corto plazo. Por ello, para transmitir esta característica y perpetuarla deberá sobrevivir durante miles de generaciones hasta que se produzca un rasgo que permita a sus descendientes una mejor adaptación.
En suma, dado que los organismos asexuales también pueden reproducirse sin pareja, el hermafroditismo no aporta ninguna ventaja a corto plazo. La ventaja a largo plazo (variabilidad genética) no cambia el hecho de que la probabilidad inmediata de supervivencia del hermafrodita es menor. Por tanto, que el hermafroditismo se transmita como mutación existiendo ya la reproducción asexual y en igualdad de condiciones con ella parece altamente improbable. 
Si, por el contrario, el hermafroditismo supusiera ventajas inmediatas, deberían ser superiores a las desventajas para acabar imponiéndose a ellas. Esto también es improbable, ya que una mayor complejidad reproductiva es inmediatamente desventajosa en todos los contextos, mientras que una ventaja inmediata que lo sea también en términos generales parece requerir cierta complejidad que garantice respuestas versátiles ante amenazas distintas. Y si fragmentamos el proceso de surgimiento del rasgo que permite el hermafroditismo para que se den primero todas las ventajas asociadas a él y sólo al final, acumulativamente, las desventajas, la probabilidad de tal combinación afortunada de eventos será todavía mucho menor.
II. 
La explicación darwiniana de la evolución de las especies, más que una teoría exacta de la que quepa extraer teoremas en base a determinados principios, es una formulación que permite predecir y explicar eventos complejos en términos simples, como el surgimiento y propagación de las diferencias entre especies, pero que se ve obligada a resolver eventos simples de manera compleja y especulativa, como la adquisición y perpetuación de un rasgo inmediatamente desventajoso. Su economía de principios teóricos (mutación y selección) la fuerza a conjeturar una multitud de hipótesis más allá de lo plausible. 
Mi interés en destacar las limitaciones del darwinismo es que éste se opone a las razones seminales, en las que ya estarían contenidas sin necesidad de mutación o selección todas las variaciones futuras, que de este modo no quedarían subordinadas a la supervivencia de un determinado rasgo. 
La oposición del darwinismo a las razones seminales es metodológica, dado que pretende explicar todos los fenómenos a partir de un solo mecanismo. No se da, sin embargo, una incompatibilidad esencial entre la preexistencia de razones seminales y su despliegue mediante procesos evolutivos. 
El darwinismo debe partir de lo simple para llegar a lo complejo a través de la combinación. Niega, pues, o no puede explicar, que lo complejo exista ab initio, situándolo al final de una cadena en la que se enlazan infinidad de eventos. Con ello pasa por alto que lo simple, por su propia virtud, debe permanecer siempre simple, por lo que el único modo de que lo simple mantenga una relación compleja con lo simple es que lo simple, a un nivel más profundo, no sea realmente simple. Pues si dos entes son simples y mantienen entre sí una relación compleja, se seguirá que son y no son simples al mismo tiempo, toda vez que la relación no tiene propiedades distintas a las de sus miembros. 
En términos racionales o abstractos lo complejo se compone de lo simple: así, la multiplicidad se compone de unidades o participa de lo unitario. Pero en términos naturales, donde todo está relacionado con todo, la simplicidad es una ficción del entendimiento. 
La preexistencia de lo complejo no niega el darwinismo, pero hace que su poder explicativo sea menor y no absoluto, como pretenden muchos de sus defensores. Este empecinamiento es ideológico, ya que cuadra al materialismo que el orden surja aleatoriamente del caos. Sin embargo, que el orden surja del orden introduce las nociones de causa primera y finalidad, que el materialismo rechaza.
Si la realidad es compleja y todo lo real mantiene relaciones recíprocas próximas o lejanas, nada real es simple. Un cuerpo grande tendrá probablemente más interacciones que un cuerpo sumamente pequeño, y en este sentido será más complejo. Pero, en tanto ambos son susceptibles de innumerables relaciones, ninguno de ellos puede reputarse simple. 
El darwinismo niega que exista lo inicialmente complejo. Puede admitirlo como hecho bruto, pero lo excluye metodológicamente, ya que presupone que todo lo complejo surgió de algo más simple y, a la postre, que todo lo vivo evolucionó desde formas vivas elementalmente simples, esto es, máximamente simples. 
El darwinismo debe presuponer lo máximamente simple si pretende que su método tenga una aplicación universal. Pues, si algo vivo es complejo al margen de las leyes de la selección es o bien porque fue siempre complejo, y por tanto inexplicable en términos evolutivos, o bien porque surgió de procesos no contemplados por esta teoría. 
Se da, entonces, el dilema de aceptar lo complejo como condición inicial, lo que conlleva admitir que el mecanismo evolutivo no es razón suficiente de todos los cambios posteriores, o de postular la noción de lo vivo máximamente simple sin saber siquiera qué es ni de qué modo se compadece con la complejidad inherente de todo lo real. 
Según la física, nada de cuanto existe es máximamente simple, aunque quepa establecer distintos grados de complejidad. Luego, para la física lo complejo es una precondición. En cambio, para la biología darwinista lo complejo es un resultado y lo simple una precondición. La ciencia se ve de esta manera obligada a mantener una doble verdad según sea su ámbito de estudio. Esta duplicación artificiosa de lo verdadero es sólo una estrategia para enmascarar lo falso.