En el siglo XVI se construyó una nueva iglesia para el Real Monasterio de Santo Domingo en Caleruega, se destruyó la primitiva capilla y la cabecera de la iglesia gótica, quedando los restos como coro de las monjas.
Desde la sacristía se desciende a la Cripta que se construyó a mediados del siglo XX, y contiene un pozo en el lugar exacto en el que nació Santo Domingo de Guzmán.
En la Cripta se guardan los restos del Padre Manuel Suárez en un monumento funerario realmente impresionante de R. Lapayese.