Jaume Matas sale de la Audiencia Nacional, en mayo de 2013. El tribunal sentenciador y el informe de la Fiscalía se opusieron a su indulto por la ausencia de arrepentimiento del condenado y la falta de utilidad pública de la medida de gracia. El mismo Gobierno rehúsa, igualmente, indultar al exjuez de la Audiencia Baltasar Garzón; al torero, José María Ortega Cano; a Julián Muñoz, ex alcalde de Marbella; al dirigente de Nuevas Generaciones del PP, Ángel Carromero, A Lluis Gavalda, ex director general de Empleo de la Generalitat de Cataluña y a Antonio Alemany, periodista mallorquín. Indultos que han sido denegados en bloque por el Consejo de Ministros a propuesta del ministro de Justicia, Alberto Ruiz-Gallardón. En los siete casos, los informes fueron contrarios a la concesión de la medida de gracia. El primero fue condenado por un delito de tráfico de influencias a nueve meses y un día de prisión, multa de 6.000 euros e inhabilitación por cargo electivo por el tiempo de cuatro años.
Jaume Matas será el primer exministro del PP que entra en la cárcel. La Audiencia explica que el no ingreso en prisión para penados con menos de dos años de cárcel no es automático, sino una potestad de los tribunales, y que, en este caso, se valoró la "peligrosidad" de los delitos cometidos por Matas y su conducta posterior. “Estamos –dice la sentencia– ante un delito cometido dentro de las estructuras de poder que las sociedades civilizadas y democráticas tratan de combatir. El peligro de este tipo de acciones es innegable”. Matas sigue teniendo otros procesos judiciales por corrupción. Su falta de arrepentimiento llevaron a los jueces a decidir que debía entrar en la cárcel para cumplir los nueve meses de condena. La concesión de medidas de gracia ha desencadenado en los últimos años una fuerte controversia por algunos casos sonados. El indulto concedido a un conductor kamikaze que había sido condenado a 13 años de prisión, tras causar la muerte a una joven, provocó fuertes críticas al Ejecutivo y fue anulado posteriormente por el Supremo debido a defectos de forma en la tramitación del expediente. Las medidas de gracia concedidas a dos exdirigentes de Unió Democrática condenados por malversación de fondos públicos o el indulto a cuatro mossos del delito de torturaspor el que tenían que ingresar en prisión supusieron también un desgaste para el Gobierno. El ministro de Justicia, Alberto Ruiz-Gallardón, aseguró en marzo pasado durante una visita a Barcelona que nunca concedería indultos a corruptos que se lleven dinero al bolsillo.
Jaume Matas contrató al periodista Antonio Alemany para que escribiera sus discursos. El periodista facturó sus servicios a través de una empresa pantalla que, a su vez, se encargaba de organizar las campañas electorales del PP. Alemany ensalzaba en sus artículos del diario El Mundo los discursos que él mismo escribía para Jaume Matas. El expresidente balear fue condenado por la Audiencia Provincialde Palma de Mallorca a seis años de cárcel por fraude, malversación y tráfico de influencias en relación con esta contratación a Alemany, pero el Supremo redujo la condena a nueve meses de prisión por un solo delito, tráfico de influencias. El Gobierno ha rechazado el caso de Garzón, poniéndolo en el mismo plano que el de Matas, Muñoz o Carromero, Alemany, lo que ha irritado todavía más a quienes le defienden.