Hijo de Baltasar Valdés, músico de profesión, y de María Cabada, de ascendencia africana. Gracias a sus padrinos pudo estudiar en el Colegio de San Ildefonso, en donde se perfeccionó en el latín, filosofía y teología. Al finalizar sus estudios optó por prepararse como cirujano y en 1788, con solo veintiún años se recibió como cirujano latino y continuó sus estudios de Medicina bajo los auspicios de Hipólito Unanue. Ya en 1792, se le concedió una licencia especial para ejercer la medicina, a pesar de no contar con el título. Con gran facilidad para los idiomas, dominó el inglés, italiano y francés.
PublicótresartículosbajoelseudónimodeJosephErasistratoSuadelenelMercurioPeruano y uno con sus iniciales, dedicándose a explicar susconocimientossobrelahigiene,ladisentería,lamuerteocasionadaporherniaysobreel veneno animal y sus remedios, llegando a traducirallatínlatesis doctoral deUnanue.
En 1807, y en presencia de Unanue, Miguel Tafur y José Manuel Dávalos sustentó su tesis de bachiller, Universidad de San Marcos; logrando el doctorado meses después. Con motivo de la invasión de Napoleón y la crisis suscitada en España y en América, participó en tertulias con otros médicos críticos del sistema virreinal, publicando numerosos artículos, al tiempo que ejerció como médico de varios hospitales como el célebre deSan Andrés; su investigación «Cuestión médica sobre la eficacia delbálsamo de copaiba en las convulsiones de los niños» le valió serincorporadoalaRealAcademiadeMedicinadeMadriden1815.
Fue el primer médico afroperuano de nuestra historia y un prócer de la Independencia ya que contribuyó con sus acciones a consolidar la incipiente República gracias a su obra científica y literaria. Así, con la llegada del general José de San Martín al campamento de Huaura, sitiando Lima, sufrió, al igual que todo el Ejército Libertador los males del cólera y las tercianas, la COVID de su tiempo. Fue Valdés uno de los estudiosos de la epidemia que azotó Lima en 1821 y que terminó por influir en la retirada del ejército realista a la sierra. Por tal razón, el propio San Martín reconoció -recién proclamada la Independencia- su apoyo, otorgándole la Orden del Sol. Además, fue designado médico de cámara del Gobierno. Al fundarse la Sociedad Patriótica en Lima el 10 de enero de 1822, tuvo como miembros a médicos insignes, tales como Unanue -vicepresidente-, Tafur, Paredes, Devoti y nuestro protagonista Valdés.
La historiadora Carmen McEvoy sitúa a Valdés como médico destacado en el apoyo a los expedicionarios de San Martín que morían en Huaura por las pestes, reivindicándolo como científico forjador de la República naciente. De hecho, al entrar en Lima el ejército expedicionario de San Martín, Valdés apoyó la causa de la Independencia, a la cual dedicó varios poemas, tales como sus odas a San Martín" (1821) y a Simón Bolívar" (1825).
Como señala YobaniGonzales José Manuel Valdés fue el afrodescendiente más importante en la transición de la Colonia a la República. Transitó por la cultura letrada limeñacomo un miembro activo, escribió sobre medicina, realizó traducciones del latín al castellano, escribió sobre literatura y religión, y fue el médico de cabecera de la élite política yreligiosade Limadurante elsigloXIX. Llegóaserunbuenmatemático,teólogo,filósofoylatinista,consiguiendolaestimayrespetodesusmaestros,siendounodeelloselcosmógrafoCosmeBueno,quienfuetambiénunodesusprotectores.
Para 1827 fue designado catedrático de Medicina y participó en la reorganización delColegio de Medicina; así mismo, fue diputado por Lima en 1831. Valdés era un hombrecreyente en la religión y sometía sus escritos a la revisión de la curia eclesiástica para nogenerar problemas. Parece que pensó ser sacerdote, pero tuvo que desistir por los prejuicios de la época.
En 1833 publica el Salterio peruano, su obra poética religiosa más estudiada. Varios delosestudiososdelaliteraturaperuanacitanlafamosaobradeValdés.Entreellos,elgranintelectualespañoldonMarcelinoMenéndez Pelayo señalóqueera «muynotableporla pureza de la lengua y dulzura de estilo que sabe a Fray Luis de León», y concluye que elSalterioeraunadelasmejoresobras quehasalidoenAméricaylamejorencastellano. Profundamentereligioso, sus trabajos están combinados con largos pasajes bíblicos; de hecho, Luis AlbertoSánchez lo considera como escritor místico, y la crítica literata Milagros Carazas lo considera como "elpoeta místicodearmoniosaliramásrelevantedenuestraliteratura. Otros trabajos escritos con devoción religiosa fueron "La Fe de Cristo Triunfante en Lima"de 1828 y la clásica biografía de San Martín de Porres de 1833, en la que -identificándose con la atractiva figura del donado mulato dominico- logra belleza literaria, rigor científico, fervor religioso.
A partir de 1835 hasta su muerte acaecida en 1843 fue protomédico general de Perú. Fue catedrático de la escuela de medicina desde 1811 y director desde 1840. Hizo compatible su ejercicio de la medicina con la literatura, llegando a ser considerado notable historiador y hagiógrafo por su biografía de san Martín de Porres, así como varios poemarios místicos.
El Comercio - en su edición del 31 dejuliode 1843-no ahorró palabras para rendirle un agradecido homenaje en el momento de su muerte:
El doctorValdez,prestóa la patriaservicios eminentesilustrandocon susescritosel nombre del Perú, y dándole fama y estimación aun en las naciones más cultasde Europa. Como ciudadano fue obediente a las leyes y fiel observante de losdeberes sociales. Como cristiano ha sido su vida entera un modelo de virtud yde santidad: la moderación, la humildad, la caridad, la piedad, hacían resaltarmás la profunda sabiduría de que estaba adornado. Como médico poseía cono-cimientoseminentesensufacultad, yalgunasdisertacionesescritasporélsobreesteramo,hansidoacogidasporlossabiosdeEuropaconaplausoyadmiración.Como literato encantaba por la sublimidad de su elocuencia, por lo vasto de suerudición,porsufinura,porsugusto, y porelinmensocaudaldeconocimientoscientíficos, que en su larga y estudiosa carrera había atesorado. Dotado de untalento claro y penetrante, y de una aplicación inmensa logró sobresalir en casitodos los ramos de la bella literatura, mereciendo que algunas academias deEuropa, se honrasen de contarlo en el número de sus miembros. Como poetapuededecirsesinexageración,queeraárbitrodeloscorazonesporladulzuradesuliracomohombreprivado ycomoamigo,estabadotadoelseñorValdez delas prendas más distinguidas:uncorazónnobley generoso,unossentimientosllenos de lealtad y franqueza, una familiaridad moderada pero circunspecta;unido todo esto a las gracias de un espíritu cultivado i lleno de poco comunesconocimientos,hacíansobremaneraagradablesutrato ycomunicación.