Asegurada la superioridad naval en el Mediterráneo, se podría continuar con la aventura egipcia o repatriar al ejército. La flota británica del Mediterráneo se encontraba al mando del almirante John Warren, que, una vez derrotada la escuadra francesa en Aboukir, la británica había quedado bastante reducida, para poder incrementar el poderío naval en el resto de los océanos.
En las cláusulas del Tratado se disponía que, dos contingentes navales galos, al mando de los contralmirantes Linois y Dumanoir, saldrían de Tolón y Cherburgo, para unirse en Cádiz a la escuadra del almirante Moreno, que se trasladaría desde su base del Ferrol. Quedaba sin definir el mando de dicha flota combinada, aunque Moreno era teniente general (vicealmirante), mientras que los otros eran contraalmirantes. Además, España ponía mucha más fuerza, y es costumbre que, la nación que expone más tropas ostenta el mando. Pero la Francia revolucionaria, no podía consentir que un francés estuviera a las órdenes de un extranjero. Pero fue esta circunstancia, la principal causa del fracaso de esta campaña, a pesar de tener todo a su favor. Se puedo comprobar que, dicho fracaso, se debió a la inexistencia de un mando único, lo que provocaba la necesidad de unanimidad para afrontar cualquier acción, algo que en la guerra no se puede dar.
Linois parte de Tolón con tres navíos y una fragata. Durante la travesía se encuentran con un buque enemigo, del cual se desconoce la nacionalidad o si era mercante o de guerra. Tras la batalla, el almirante Moreno asume el mando de la flota combinada, junto a Linois, al dar a conocer las circunstancias de ese encuentro, se mencionan dos: un bergantín de 14 cañones y un bajel de 8, aunque sin mencionar los nombres. Este bajel podría ser de corso, ya que, por estas aguas, los jabeques de corso español controlaban el área marítima del Estrecho, aunque también hay que tener en cuenta que los ingleses habían iniciado una campaña contra el corso español, dando patentes a diversos buques, tanto a ingleses como a sus aliados. A la entrada al estrecho de Gibraltar, se les cruza el Speedy, un bergantín de 14 cañones, que ejercía el corso en estas aguas y cuyo capitán, lord Cochrane, había adquirido bastante fama, ya que había capturado 33 presas, en su mayoría españoles y franceses. Cochrane, consciente de que su fama podría costarle cara, presentó una batalla desigual, intentando evadirse del cerco. Aunque, a pesar de sus esfuerzos, tuvo que rendirse ante la superioridad numérica francesa. En Algeciras, las autoridades españoles quisieron juzgarlo como pirata, pero Linois, fiel a la palabra dada, y alegó que era prisionero de Francia.
Comienza el combate naval de Algeciras
En la mañana del día 6 de junio aparecieron, por Punta Carnero, los navíos Caesar, insignia de Saumarez, de 80 cañones, y Pompée, Venerable, Hannibal, Spencer y Audacious, de 74 cañones y la fragata Thames de 40. Los cuales, confiados en su superioridad, pretenden realizar la misma maniobra que Nelson en Aboukir, es decir, remontar, con una parte de su flota, en toda su longitud la línea francoespañola, por la parte más cercana a la costa, en tanto que los restantes atacaban por el lado del mar abierto, y así cogerles entre dos fuegos, despreciando las baterías de costa.
La escuadra inglesa navega en línea, con el Venerable en primer lugar, el cual cruza por delante de las baterías de San García, que rompen el fuego, a las 08:25, sin responder al mismo. Asimismo, cruza asimismo la primera parte de la línea francesa, ocupando su posición en el extremo norte de la misma. Le sigue el Pompee, efectuando una maniobra similar, colocándose en el centro del despliegue hispanofrancés. Detrás, el Audacious, Caesar, Spencer y Hannibal, iniciando un intenso fuego sobre los navíos franceses. Linois, intuye la maniobra británica, y, ante la posibilidad de ser envuelto, aprovecha una caída del viento, y ordena cortar los cables que mantenían fondeados a sus buques; los cuales se aproximaran a la costa, encallando y quedando mejor protegidos por las baterías de costa. Destaca la inmovilidad francesa, frente a la agilidad inglesa.
A las 10:30, Saumarez se da cuenta del daño que le están produciendo las baterías de costa, por lo que ordena ponerse al viento. El Pompee, ha sufrido tales daños que le es imposible navegar, por lo que se ve obligado a remolcarlo con los botes. Ante el fuego recibido desde la batería de Isla Verde, el almirante inglés decide efectuar un desembarco, algo que no puede realizar, ya que, las fuerzas reservadas para ello se encuentran en los botes que remolcan al Pompee. Mientras, el Hannibal se encuentra realizando la maniobra de desbordamiento por el norte de la línea francesa, al objeto de tomarla entre dos fuegos, pero encalla, quedando inmovilizado, y recibiendo el mortífero fuego de la batería de Santiago, sin posibilidad de recibir auxilio ante la muralla de fuego que presentaban las baterías de Torre de la Almiranta, y de Palmones, situadas al este de la de Santiago.
De nuevo intentan efectuar un desembarco los ingleses, pero el daño sufrido es demasiado grande, y la potente movilidad esgrimida por el almirante inglés, que disminuía el efecto de los cañones enemigos, desaparece, al decaer el viento. Poco antes de las 13:00 horas, el capitán Ferris del Hannibal, ordena arriar el pabellón, incluyendo a las tripulaciones de los botes que le había enviado su almirante para desencallarlo. Al regresar a Inglaterra, tras su liberación, el capitán Ferris es procesado, junto a sus oficiales y tripulación, por rendir al buque.
La batalla se fue haciendo cada vez más encarnizada, una vez que cesó el viento cesó y el combate se redujo a un intenso y letal cañoneo entre los contendientes, dada la inmovilidad de los barcos. A las 13:30, el Hannibal se había rendido; el Pompée se encontraba inmovilizado y cinco de las lanchas cañoneras españolas habían sido hundidas. La batalla estaba perdida para los británicos. Saumarez piensa que era posible hundir a todos los buques franceses, pero le es imposible destruir a las baterías de costa españolas, que, incansables, lanzan muerte sobre sus barcos. La artillería británica centra su fuego sobre isla Verde, pero sus fortificaciones son más fuertes que el maderamen de los barcos. La batería de Santiago es la que más mortandad causa y también la que más dificultades presenta a los artilleros ingleses para alcanzarla. Mientras, la ciudad sufre, y son numerosas las balas de cañón que alcanzan a los edificios. Milagrosamente la Torre de la iglesia de la Virgen de la Palma se mantiene incólume. La población ha evacuado la ciudad y mira expectante desde las actuales alturas del barrio de San Isidro. Es posible que, haya sido la única batalla que ha contado con espectadores, ya que las poblaciones de Algeciras y Gibraltar fueron espectadores de excepción, unos desde San Isidro y otros desde la muralla de mar de Gibraltar.
A las 12:30 horas, Saumarez da la batalla por perdida y ordena retirarse hacia Gibraltar. Como resultado, los ingleses habían perdido el Hannibal, apresado; el Pompée, en un estado lastimoso y sin posibilidad de reparación; y muy dañado, el Caesar, que recibió cinco impactos en su palo mayor y varios en sus otros palos y vergas. Las bajas de esta batalla, las fijan los historiadores galos en 1.500 muertos y heridos, mientras los ingleses reconocieron 121 muertos y 240 heridos.
Ramón Martín