Durante los fines del siglo XVII a causa de los múltiples saqueos de piratas, la economía de la República Dominicana, basada en la agricultura, entró en una franca decadencia. Con ello el comercio al extranjero también había, prácticamente, desaparecido.
En 1700 la dinastía de los Borbones reemplazó a la de los Habsburgo y un clima de nuevas innovaciones empezaron a llegar a todas las colonias españolas. Se intentaba implementar reformas de todo tipo, económicas especialmente. Una de ellas, pretendió “suavizar” los controles y las restricciones del comercio entre España y sus colonias, con el fin de acabar con el monopolio e introducir un libre mercado. Lo último convoyes zarparían en 1737. Para 1765 las islas caribeñas tenían autorización para comercializar ilimitadamente con los puertos españoles; en 1774 se dio el permiso para que las colonias puedan comerciar entre ellas.
Para 1790 cualquier puerto podía comprar o vender y hacia 1800 España abrió el comercio colonial a todas las naves neutrales. Estas reformas a lo largo del siglo hicieron que la población del país se incrementase un poco a comparación de la gran disminución del siglo anterior. En República Dominicana habían por entonces unas 40 mil personas de raza blanca, 25 mil negros o mulatos y unos 60 mil esclavos, mayoritariamente de estas dos últimas razas. Contrastaba con su vecino Haití donde había cerca de 30 mil blancos, 27 mil hombres libres de todos los tipos y cerca de 500 mil esclavos negros. Y, como resultado de la explotación acaecería un importante suceso en dicho lugar.
El 16 de agosto de 1791 en la colonia francesa la población esclava se subleva y se extiende, y si bien el ejército y la marina francesa la aplastan, debido a las circunstancias en 1795 España se ve obligada a renunciar al territorio que le correspondía en la isla, quedando sólo Francia como dueña mediante el Tratado de Basilea. Había comenzado la era de la dominación francesa sobre todos los territorios isleños que hoy en día corresponden a Haití en el oeste y a República Dominicana en el este. Pero los haitianos, liderados por Toyssaint Louverture avanzan sobre la parte oriental de la isla y se llega a Santo Domingo, la capital, que fue tomada.
El líder consiguió la independencia de Haití en 1804, pero más tarde fue derrocado por Leclerc y sus planes de unificar la isla se verían deshechos tras ser enviado a Europa para morir en una cárcel. En 1804 Ferrand, inicia en Santo Domingo una nueva etapa tras pretender liberarse del dominio francés. Asimismo, Jean Jacques Dessaline quien el mismo año proclama la independencia de Haití de Francia, intentaría derrocarlo y apoderarse de los dominios de la parte este de la isla (es decir de la actual República Dominicana) pero nada se pudo hacer pues Ferrand, después de apoderarse de Santo Domingo, los rechazó en 1805 cuando estuvieron a punto de tomar la capital.
Entre 1806 y 1809 Dessalines muere y lo sucede Cristophe y Petion, quedando Haití dividida en dos partes debido a las múltiples disputas entre ambos. Ferrand se mantuvo en el lado este, administrando la colonia francesa. Cuando en 1808 Francia invade España, siendo el autor Napoleón, Ferrand prohíbe el comercio con la parte occidental de la isla, es decir con el área que hoy en día es Haití. En dichos lares se vislumbró una oportunidad para dar inicio a la libertad y gracias a Juan Sánchez Ramírez se inicia la resistencia. Durante esta etapa, recibió apoyo de los ingleses ya que estos luchaban contra Napoleón. Sánchez Ramírez, después de la batalla de Palo Hincado del 7 de noviembre de 1808, cosechó un éxito tras otro y el 11 de julio de 1809 los administradores franceses capitulan.
Los ingleses llegaron a ocupar Santo Domingo pero luego se retiran reivindicando la zona de República Dominicana a España de nuevo. Así se dio inicio al período de la España boba, llamado así pues la península le daba escasa importancia a estos territorios. Este estatus quo perdudaría hasta 1821 fecha de la independencia.
La independencia
Después de que Toussaint Louverture intentó unificar la isla sin éxito, los aires independentistas de criollos en la nueva zona española no se hicieron esperar. El primer intentó acaeció el 1 de diciembre de 1821 cuando José Núñez de Cáceres intenta descolonizar la isla después de quedar patente la poca importancia que tenía ya para España aquellos territorios debido a la falta de control, el agotamiento de recursos de la isla, y por tener concentrados a otras tropas en territorios clave que se iban independizando como Sudamérica. Especialmente los criollos y personas de clase noble vieron peligrar sus intereses con esta crisis y pronto se unieron a la causa de Núñez. En realidad para noviembre del mismo año ya habían existido movimientos de comerciantes, mulatos y algunos otros en contra del régimen español, los cuales sorprendentemente tomaron más fuerza que el de Núñez, quien para no verse perjudicado aceleró sus planes y dio un golpe de estado en contra del gobernador Pascual Real I. Fue el 1 de diciembre ya mencionado. Se proclamó el Estado Independiente del Haití Español (o sea la actual República Dominicana). Núñez, expuesto, buscó ayuda de Simón Bolívar. Este no aceptó pues sus preocupaciones estaban en Sudamérica y porque Haití había ayudado al venezolano. Sin embargo la mejor oferta provendría de Jean Pierre Boyer, presidente de Haití, quien le informó su intención de unir ambos pueblos. Núñez, rodeado y sin apoyo, aceptó y el 9 de febrero de 1822 Boyer tomó posesión de Santo Domingo. El período de unificación de la isla duró 22 años. Este fue el primer intento y período de independencia llamado de Independencia Efímera, por su corta duración.
El hecho es que los dominicanos estuvieron bajo dominio de Haití, el primer pueblo de la nación americana en abolir la esclavitud. Boyer tomó posesión de Santo Domingo logrando la unificación de la isla. Obviamente se dieron medidas como el fin de la esclavitud, beneficiando a cerca de 8 mil seres humanos, aunque claro, era muy pronto en la historia para que se cante victoria, y luego los mismos liberados quedaron en las tierras de los dueños esclavistas de estas, donde trabajaron a cambio de un par de monedas y una ración mínima de comida. Entre otras medidas importantes resalta la inserción del código civil francés en toda la isla. La agricultura, unida a un solo gobierno, pareció renacer de las cenizas, y como en antaño cuando los nativos trabajaban la tierra, todo parecía reavivar. Sin embargo hubo protestas contra este gobierno como cuando los pobladores protestaron para no pagar impuestos, además en cada uno de ellos ya existía la semilla de la independencia total que nunca desapareció.
El gobierno empezó a dar signos de descomposición y paulatinamente perdió su reputación en la zona; asimismo el Gourde haitiano se devaluó. Obviamente los conspiradores no faltaron y el gobierno de Boyer se tambaleaba. Campesinos, comerciantes y artesanos decepcionados y quebrados, antiguos esclavos y de la clase poderosa del país, todos se revelaron. De los movimientos resalta el del nombre La Trinitaria. Pero quizá el mayor error de Boyer fue la de hacer una división social por sobre la hipotética unificación. El hecho es que los dominicanos no tenían los mismos privilegios que los haitianos o los extranjeros, es más el dominicano debía juramentarse como haitiano, obviamente una acción que a la postre lo perjudicó. Boyer también tuvo algunos enfrentamientos con la Iglesia Católica, confiscándoles los terrenos y los bienes, entrando en choque con los clérigos. Además no se usaría el español en actos y documentos oficiales, se cerraría la universidad, se limitarían las fiestas religiosas, y para poner la cereza en el postre, la parte este (es decir la que corresponde a República Dominicana) de la isla debería pagar a Francia 150 millones de francos en compensación a causa de la guerra de independencia haitiana. Boyer tenía los días contados. Muchos grupos en contra del dominio haitiano toman forma durante la década de los treinta y la situación empeoró cuando en 1843 Charles Herard llega el poder, y Boyer se ve obligado a partir rumbo al exilio. Entre los diferentes grupos estaban los conservadores a favor de Boyer, los anexionistas con deseos de incorporarse a España, Inglaterra o Francia, y el del ya mencionados grupo Trinitaria fundado el 16 de julio de 1838, que buscaban la total independencia del país (la zona este de la isla) ante cualquier potencia extranjera. Su líder era Juan Pablo Duarte, más tarde conocido como padre de la patria. Respecto al nombre del grupo obedecía sencillamente a que cada fundador debía buscar tres adherentes más. También fueron conocidos como los liberales. Asimismo hubo otras sociedades como la Filantrópica y la Dramática, que buscaban independizar y liberal al país persuadiéndolo a través del arte del teatro.
Una vez que Charles Herard llega al poder la persecución contra los trinitarios se intensifica, y en 1843, mientras Duarte estaba ausente por hallarse en Venezuela refugiado, algunos de sus camaradas, entre ellos Francisco del Rosario Sánchez, Matías Ramón Mella y Vicente Duarte continuaron la lucha hasta lograr, el 16 de enero de 1844, la “Manifestación de los pueblos de la parte Este de la isla”, anunciando los motivos lógicos y coherentes de separarse de la República de Haití. No se sabe si fue redactada por Tomás Bobadilla y Briones, o Matías Ramón Mella, o Francisco del Rosario Sánchez, pero lo que sí se sabe es que se mantuvo como la ley provisional hasta la llegada de la Constitución. Hicieron una campaña en la cual fomentaron el ideal independentista en todo el territorio, aunque fue más masivo en Santo Domingo. Acaecida la Manifestación del 16 de enero de 1844. Las bases para la independencia del pueblo dominicano estaban fundadas y para el 24 de febrero los de La Trinitaria se reunieron para planear la total independencia del país. Entre las figuras más destacadas que participaron fueron Matías Ramón Mella y Vicente Celestino Duarte, y con lo demás acordaron como fecha de la independencia el 27 de febrero de 1844. Se otorgaron varios títulos y para el día siguiente (25 de febrero) ya estaba todo trazado, se repartieron los mensajes en los camaradas de todo el país, el 26 se dieron los últimos preparativos y a la medianoche del 27 de febrero de 1844, liderados por Ramón Matías Mella, un grupo de dominicanos llegan hasta la Puerta de la Misericordia, lanzándose lo que pasó a llamarse Trabucazo de la Independencia, y la guerra contra Haití daba inicio.
Muchos los siguieron y se gritaban vivas a favor de la nueva república. Casi todo el país se unió a la revuelta, hasta inclusive haitianos disconformes con el gobierno de Herard y que preferían el del antecesor. El Baluarte del Conde fue entregado a los febristas, desde donde se llevaron a cabo operaciones y la dirección del primer gobierno de la República Dominicana. Mientras tanto en El Seibo, el 27, Pedro y Ramón Santana adelantaban los planes con respecto a la separación. El primero fue proclamado General del Ejército. Para el 28 los haitianos estaban rodeados, incluida la Fortaleza Ozama, por lo cual Henri Etienne Desgrotte, el militar haitiano responsable, decide negociar; los febristas le respondieron con una carta donde daban razones lógicas para querer separarse de Haití. Sin otro remedio Herard, después de enviar a su hijo quién fue bienvenido a balas, envía un grupo para negociar. Aquel mismo día se iza la bandera de la Republica Dominicana por primera vez en la Puerta del Conde, la cual confeccionada por María Trinidad Sánchez y Concepción Bona. También se acordó hacer un himno nacional. El 29 se tenía el total control del territorio tras la rendición haitiana.
Mientras la Junta Provisional se encargaba de repartir la noticia a todos los dominicanos que apoyaban la causa (o a los que no que eran casi lo mínimo) la noticia saltó también al extranjero. Las pérdidas de un par de fuertes y unos cuanto soldados no desanimaron a los haitianos, quienes decidieron reconquistar toda la isla para ellos, en varias batallas sin resultados favorables. Pero faltaban los platos fuertes de la independencia: la Constitución y un Parlamento. Así el 1 de marzo de 1844 quedaba formada la Junta Central Gubernativa. Pedro Santana fue su presidente y con tal cargo, el 24 de julio de 1844 se convoca a toda la población para que se elijan los miembros de la Asamblea Constituyente, para que estos asimismo redacten la Constitución. Una vez elegidos los diputados, se reunieron en San Cristóbal el 21 de septiembre de 1844.
Una vez propuestas todas las opiniones y sugerencias de estos fueron revisadas por algunas personas hasta que el 6 de noviembre de 1844 quedó constituida la Constitución de la República. Esta misma Constitución establecería a los diputados del llamado Congreso Constituyente. La Junta Central Gubernativa se quedó con el control del nuevo gobierno hasta el 14 de noviembre de 1844, fecha en la que Pedro Santana es electo como el primer presidente constitucional. Desde febrero, fecha de la independencia oficial, hasta 1861 se le conoce como la etapa de la Primera República.