Cuando Napoleón Bonaparte llegó al poder, aprobará un texto firmado en 22 de junio de 1799 ordenando la unión de la Gran Logia de Francia y el Gran Oriente de Francia (GODF). Aunque algunas logias del rito "escocés", rechazan esta aproximación, en todo caso, esta etapa estará marcada por un intolerable grado de intromisión gubernamental en la vida de las Logias.
Joaquin Murat, Etienne François Christophe Kellermann fueron miembros de la logia "Napoleón" de París. Charles Augereau de la "La Sinceridad" de París). Dominique de Pérignon y Jean-Mathieu Serrurier Philibert estaban afiliados a las logias parisinas de "San Alejandro de Escocia". También los senadores Antoine-César de Choiseul-Praslin ("La Sinceridad, París), François-Arnail, Louis-Joseph-Charles-Amable d'Albert de Luynes y Dominique Clément de Ris, Lucas Duranteau de Bauné. También estaban afiliados a la masonería Bernard Germain Etienne de Lacepede (miembro de la logia "Las Nueve Hermanas" de París) del que era Venerable el erudito Joseph Jérôme Lefrançois de Lalande. También los generales Macdonald y Horace Sebastiani, el contra-almirante Carlos Magón René Medina, el Embajador Pierre Riel Beournonville, el ministro del Interior, Jean-Baptiste Champagny Nompère, el de La policía Joseph Fouché (iniciado en la logia "Magdalena Sofía, Reina de Suecia" en Arras) y el primer presidente de la Corte de Casación, Muraire Honoré. El Hermano Jean-Antoine Chaptal (miembro de "La Unión Perfecta", Montpellier) era el responsable de la agricultura.El año 1804 el conde de Grasse-Tilly tras volver a Francia fundó el 22 de septiembre el Supremo Consejo Grado 33. Reunida la convención el 22 de octubre escocista en la Gran Logia de Francia, Luis Bonaparte se convierte en el Gran Maestro. Con el advenimiento del Imperio, José Bonaparte (iniciado en la logia "La Perfecta Sinceridad" de Marsella) se convirtió en Gran Maestro del Gran Oriente de Francia. Las relaciones de Napoleón con el Gran Oriente serán buenas pues se llevó a cabo una purga de anti-bonapartistas. Los principales cargos de la masonería serán ocupados por familiares y personas de confianza de Napoleón, como el príncipe Luis Bonaparte, el Canciller del Imperio Jean-Jacques Regis de Cambaceres, o los mariscales André Massena y Murat. Massena había sido iniciado en Toulon en 1784 en la logia "La Asociación de Estudiantes de Minerva", y fue miembro de otras logias como "Los amigos verdaderos de la reunión" de Niza, o la logia militar "La Perfecta Amistad", llegando a dirigir el GODF.
En 1805, ante las disputas entre el Grande Oriente y el Supremo Consejo del Grado 33, Napoleón, para asegurar el control del Consejo Supremo, nombará a Jean-Jacques Regis de Cambaceres como Soberano Gran Comendador en lugar de Grasse-Tilly, junto a varios dignatarios del Gran Oriente ( Dominique Clément de Ris, Pierre Riel Beurnonville, Dominique de Pérignon, Muraire, D'Aigrefeuille, etc.). Jean-Jacques Regis de Cambaceres, fue Gran Comendador del Supremo Consejo de Francia desde 1806 hasta 1821. Bajo el Imperio se desarrollaron las logias militares dado que Napoleón veía en la masonería un elemento de cohesión del ejército por los sentimientos de hermandad que inspiraba. No obstante, Napoleón no se fiaba de la Masonería, aunque estuviera controlada por José Fouché, pues en ella también se ocultaban las actividades de los Realistas.
Joaquín Murat se convirtió en rey de Nápoles el 1 de agosto de 1808. Se produjo entonces un florecimiento de las logias
militares franco-italianas bajo el rito de Mizraim, que durará hasta el final del Imperio.
La batalla de Waterloo verá el fin del Primer Imperio y de las logias militares hasta ahora controladas por el Mariscal Michel Ney (iniciado en 1801 en la Logia " San Juan de Jerusalén", y Pierre Cambronne Emmanuel de Grouchy (de la logia "heroísmo" de Beauvais y "Sinceridad" en Estrasburgo). Si bien la mayoría de los mariscales del Imperio fueron masones, muchos de sus oponentes lo eran igualmente, como el Vice-almirante Horatio Nelson (de la logia "Unión" nº 331), Sir John Moore, el mariscal Mijail Kutuzov Illarionovich (de la logia "Las Tres Claves" de Ratisbona). Arthur Wellesley (Logia "Wellesley Family" nº 494), Gebhard Leberecht von Blücher (Logia "Arquímedes", en Altenburg).
Entre los masones famosos del imperio, todavía puede evocar príncipe Jerome Bonaparte (recibido masón a los 17 años en la logia "La Paz" de Toulon, y que fue luego Gran Maestro de la Gran Logia Madre de Westfalia); el príncipe Eugenio de Beauharnais, virrey de Italia (fundador del Gran Oriente y Supremo Consejo de Italia); el mariscal Louis-Alexandre Berthier, Príncipe de Neuchâtel y Wagram; el príncipe mariscal Antonio José Poniatowski (de la logia "Bracia Polacy Zjetnoc Zeni", en Varsovia); el mariscal Nicolas Charles Oudinot, Duque de Reggio (de la Logia "San Napoleón", Amsterdam); el mariscal Louis-Gabriel Suchet, duque de la Albufera; el gran mariscal del palacio Duroc-Michel Geraud, duque de Friuli; el general J ean Andoche Junot, Duque de Abrant (iniciado en Toulon en 1794 en la logia "El Niño de Marte y Neptuno"; el general Armand de Caulaicourt, duque de Vicenza (Gran maestro Adjunto del GODF); el general Louis Bertrand de Sivray; el general Charles de Tristán de Monthollon; el general José Exelmans Remi Isidore, el general Joseph Leopold Hugo Sigisbert (Logia "Amigos de Honor de Francia"); Almirante Charles Henri Verhuell (Fiscal del GODF y entonces Gran Maestro del Reino de Westphalia; el astrónomo Pierre-Simon Laplace; Sir Charles-Louis Cadet Gassicourt. Pintores como Pierre Prudhon ("La Caridad", Beaune), Fran-Gerard Cois ("La Gran Esfinge, París) y Jean-Baptiste Isabey ("Amigos reunidos", París). El dramaturgo François-Joseph Talma (Logia "La Unión", París). Académicos, escritores y políticos como Georges Cabanis, Benjamin Constant, Alexandre Brongniart (logia "San Juan del Contrato Social", París), Pierre Fontaine. Artistas y músicos como Luigi Cherubini (logia "San Juan de Palestina" del GODF), el escultor Claude Clodion ("Friends Meeting", París), Joseph Lakanal (logias "Perfect Point" y "Triple Armonía, Paris).
La caída de Napoleón conduce en gran medida a una restauración de la masonería libre de la dependencia gubernamental. De esta manera, no fue sino hasta la Tercera República, cuando la Masonería conoció en Francia una "edad de oro".
Fuente: UNED