El examen y diagnóstico del médico comenzaba por una confesión de los actos negativos del enfermo y esto determinaba la actuación de aquel y la suerte de este.La concepción egipcia de la enfermedad, admitía en parte, la intervención divina. Para ellos, el origen de esta había que buscarlo en deficiencias alimentarias, o mezclas inapropiadas de alimentos, elementos malsanos transportados y contagiados por el aire-y aquí se incluían tanto los de carácter físico como los atribuidos a voluntades sobrenaturales-,las infecciones que ellos llamaban gusanos en la piel, intestinos o heridas, muchos de los cuales habían sido diferenciados y clasificados con distintos nombres, o bien la aparición de materias morbosas, como bilis o mucus en el sistema circulatorio. Este último concepto, aunque mucho más simple, es muy parecido a la teoría humoral, expuesta posteriormente por Hipócrates y Galeno. Tanto estos como los egipcios pensaban que la forma de desaparecer estos humores perjudiciales era a través de las vías de excreción naturales.
El código moral que dirigió su comportamiento social, fue aplicado también a las relaciones con las personas enfermas, que nunca fueron consideradas como impuras o culpables. El Papiro de Ebers recuerda que no se debe dejar a los pacientes sin ayuda y los aleccionamientos contenidos en los proverbios de Amenemope, incluyen la recomendación de tratar con especial cariño a las personas enfermas o con deformaciones.