Una rebelión de los vascones contra la autoridad de Fruela en el tercer año de su reinado, demostró ya la tendencia de aquellas altivas gentes a emanciparse del gobierno de Asturias, a quien sin duda los había sometido Alfonso el Católico, y a obrar aislada e independientemente de los demás pueblos cristianos. Y aunque Fruela logró reducirlos, estas sumisiones forzadas, que hubieran debido ser espontáneas alianzas, sobre distraer la atención y las fuerzas de los cristianos, que bien las habían menester todas para resistir al común enemigo, eran flojos y precarios lazos que habían de desatarse fácilmente en la primera ocasión o romperse. Las crónicas no n os explican las causas o motivos de aquel movimiento. ¿Pero hay necesidad de buscarlos en otra parte que en la índole misma y en la independiente arrogancia de los pueblos vascos, tan distintos de los demás pueblos de España en carácter, en lengua, en costumbres, siempre dados a gobernarse a sí mismos por caudillos propios y de libre elección? Se prendó allí Fruela de una noble y hermosa joven llamada Munia, la cual llevó consigo a Asturias, y haciéndola su esposa, tuvo de ella un hijo que más adelante había de regir el reino y alcanzar glorioso renombre. Se llamaría también Alfonso, como su abuelo.
Enajenó Fruela a una gran parte del clero y del pueblo con una medida que acaso le inspiró su celo religioso. Tal fue la de prohibir los matrimonios de los sacerdotes, y aún obligar a los ya casados a separarse de sus mujeres: costumbre antigua en España y desde el tiempo de Witiza muy recibida y generalizada. Bien fuese que no le creyeran con derecho a hacer por su sola autoridad esta innovación en la disciplina canónica, bien que el clero y los pueblos mismos tuvieran interés en la conservación de aquella costumbre, "porque los hombres, dice a propósito uno de nuestros historiadores, quieren que lo antiguo y usado vaya adelante, y la libertad de pecar es muy agradable a la muchedumbre", se atrajo con ésto el desabrimiento de una gran parte del pueblo y de los sacerdotes. "Lo cual, dice hablando de esto mismo otro de nuestros analistas, agradó a todos los piadosos, aunque se exasperaron los más de los eclesiásticos". Con tanto disgusto se supone haber sido recibida esta medida, que a ella se atribuye la rebelión que en Galicia estalló contra Fruela, el cual desplegó para sofocarla toda la severidad de su irascible genio, devastando la provincia y castigando de muerte a todos los culpados.