Enrique IV fue sucedido en el trono por Luis XIII (1601–1643), de nueve años de edad, quien gobernó bajo la regencia de su madre, María de Médicis (1573–1642). El matrimonio de Luis XIII con Ana de Austria (1601–1666) dio lugar a varios levantamientos y protestas de los hugonotes, que terminaron con el Tratado de Montpellier (1622). De todos modos, las iglesias hugonotes entraron desde entonces en su período de prosperidad y crecimiento, conservando sus privilegios religiosos a pesar de sufrir los ataques de los jesuitas y otras influencias católicas a medida que avanzaba el siglo XVII. Armando Juan Du Plesis, cardenal de Richelieu (1585–1642) conquistó en 1628 la fortaleza de La Rochela, que era un bastión de los hugonotes, y por el edicto de Nimes (1629) les revocó a éstos todos sus privilegios políticos. Más tarde, la revocación del Edicto de Nantes, por Luis XIV, en el año 1685, los redujo a la situación de Iglesia mártir, perseguida y proscrita, hasta la Revolución Francesa (1789). Miles de sus miembros se vieron forzados a emigrar hacia Inglaterra, Holanda, Prusia y América.
