María Luisa de Habsburgo-Lorena nació el 12 de diciembre de 1791 en el palacio vienés de Hofburg. Fue la primera hija del entonces archiduque Francisco I de Austria, futuro emperador como Francisco II, y su segunda esposa, María Teresa de Nápoles y Sicilia. María Luisa recibió una educación digna de una archiduquesa, centrándose sobre todo en el aprendizaje de idiomas.
María Luisa creció en un ambiente de odio hacia todo lo francés. No en vano, su tía-abuela fue la desdichada reina María Antonieta, quien fue guillotinada durante la Revolución Francesa. Además, en aquellos años, la familia real austriaca tuvo que huir en varias ocasiones de Viena por la continua amenaza de las tropas de Napoleón Bonaparte.
Tenía quince años cuando su madre falleció a causa de un aborto natural. Su padre se casó por tercera vez con su prima María Luisa de Austria-Este, que tenía tan sólo cuatro años más que su hijastra.
En 1810 se firmaba la enésima paz entre la Quinta Coalición y Francia. De esta paz saldría el acuerdo matrimonial entre María Luisa y Napoleón. Un año después, el 20 de marzo de 1811, nacía su único hijo, quien reinaría brevemente como Napoleón II.
Cuando su esposo marchó hacia la nefasta aventura de Rusia, la emperatriz quedó como regente hasta que regresó en 1812. Se iniciaba entonces una nueva guerra de la Sexta Coalición contra el imperio francés que terminaría con el exilio de Napoleón en la isla de Elba. María Luisa y su hijo permanecerían un tiempo en París hasta que se trasladaron a Viena donde vivieron bajo la custodia de su padre. El 11 de abril de 1814 se firmaba el Tratado de Fontaineblau por el que María Luisa conservaba su rango de emperatriz y se convertía en duquesa de Parma, Piacenza y Guastalla.
Napoleón escapó de Elba y volvió a reestrablecer su poder en Francia y a declarar la guerra, una vez más, a sus enemigos. Waterloo terminaría definitivamente con el Primer Imperio Francés y con los sueños expansionistas de Napoleón.
El Congreso de Viena de 1815 reafirmó los títulos de María Luisa en Italia pero quedó estipulado que no los podría heredar su hijo quien, además, no pudo viajar con su madre a sus nuevos dominios italianos.
Napoleón Bonaparte falleció el 5 de mayo de 1821. Cuatro meses después, su viuda se casaba morganáticamente con quien había sido su amante en los últimos tiempos, el Conde Adam Albert von Neipperg con quien tuvo cuatro hijos. Viuda por segunda vez, en 1834 volvió a casarse también morganáticamente con su gran chambelán Charles-René, Conde de Bombelles con quien vivió en el ducado de Parma hasta su muerte, acaecida el 17 de diciembre de 1847, cuando acababa de cumplir los cincuenta y siete años de edad.