El fruto, que es técnicamente una baya, y su mesocarpio pulposo junto a la semilla, además de la corteza y las hojas del árbol son tóxicos para algunos animales como aves, caballos, conejos y ratones lactantes, vacas, etc., provocando alteraciones cardiovasculares, mastitis y síndrome respiratorio agudo. En perros y gatos, puede provocar vómitos y diarrea, e incluso obstrucción gastrointestinal si no se trata a tiempo. En algunos alimentos para estas mascotas puede encontrarse aceite de aguacate entre los ingredientes, pero habitualmente se encontrará a muy baja concentración y con finalidad nutricional.
La sustancia responsable de esta toxicidad es la persina, un compuesto oleofílico con propiedades fungicidas con una estructura química similar a la de los ácidos grasos que en humanos no produce efectos negativos excepto en casos de alergia. La concentración de persina varía según el tipo de aguacate, siendo los de Guatemala (con un grosor del exocarpio o corteza del fruto) los que poseen mayor cantidad.
(R, 12Z,15Z)-2-Hidroxi-4-oxohenicosa-12,15-dienil acetato
Este compuesto ha demostrado provocar apoptosis en células de ciertos cánceres de mama, y su uso junto al tamoxifeno (agente antineoplásico del grupo de los moduladores selectivos de los receptores estrogénicos, usado como coadyuvante tras cirugía y quimioterapia) potencia el efecto citotóxico de éste último. Al ser una molécula muy hidrófoba, no es apropiada para ser tomada en comprimidos por vía oral, pero mediante la Tecnología Farmacéutica podría desarrollarse un profármaco que solvente este problema.