Para el gobierno de Felipe IV, Cataluña fue en principio un problema fiscal, pero desde 1626 se convirtió también en un problema político. La negativa a contribuir a la Unión de Armas (1625) instaurada por el conde-duque de Olivares persistió pese a todos los esfuerzos realizados por el rey y su valido, obstaculizados incluso por los miembros de la ya por entonces corrupta Diputació. En mayo de 1635, con el estallido de la guerra franco-española (en el marco de la Guerra de los Treinta Años), pasó a ser uno de los problemas internacionales de España. Las necesidades fiscales no se cubrían con los ingresos, por lo que se redoblaron los esfuerzos para aumentar las contribuciones de los distintos reinos que integraban la Monarquía Hispánica. Pero en 1640 no llegaron las remesas de las Indias, lo que desajustó completamente los presupuestos, provocando la acuciante necesidad de conseguir ingresos fuera de Castilla, concretamente en Cataluña.La negativa catalana a proporcionar tropas llevo a Olivares a abrir un nuevo frente contra Francia desde Cataluña, que así se vio obligada a contribuir en su propia defensa. Pero la presencia y el mantenimiento de tropas castellanas llevó a los catalanes a la insurrección. En 1640 estalló una rebelión abierta, violenta, implacable y provocada por agitadores. En Mayo, los campesinos entraron en Barcelona y en Junio (día del Corpus de Sangre) se les unieron los segadors, que se hicieron con el control de la ciudad, persiguiendo a los jueces reales como animales y asesinando al virrey Santa Coloma cuando intentaba escapar.La rebelión pronto escapó al control de los dirigentes catalanes que la instigaron. Pronto los rebeldes atacaron a los ciudadanos ricos y a sus propiedades, los agitadores y los individuos fuera de la ley rechazaron el liderazgo de Barcelona y su oligarquía. Por ello buscaron la protección de los enemigos del monarca y se dirigieron a Francia, con la que ya habían establecido contactos miembros de la Diputació antes de que estallara el conflicto. Ante los preparativos de un ejército contra el que no consiguieron levantar uno propio, la Diputació envió una petición formal a París (24/09/1640) para conseguir la protección y ayuda militar de Francia. El acuerdo firmado permitía a los barcos franceses utilizar los puertos catalanes y el envío de 3000 soldados franceses que serían mantenidos por Cataluña. Finalmente, en enero de 1641, el principado se situó bajo la jurisdicción del monarca de Francia a cambio de su protección. De esta forma, las fuerzas catalano-francesas defendieron con éxito Barcelona ante el ejército castellano.Mientras España sufría un desmembramiento temporal como consecuencia de la rebelión de Cataluña, los catalanes sufrían males aún mayores. Se vieron obligados a soportar enormes gastos de defensa, la inflación monetaria, el estancamiento económico, la peste, el hambre y, finalmente, la pérdida de un fértil territorio. Recayeron sobre ellos las cargas del poder sin que obtuvieran al mismo tiempo ninguno de sus frutos. Esta situación era peor que la que habían soportado anteriormente.Francia nombró a un virrey francés y llenó la administración de elementos fieles a Francia. Explotó a Cataluña, tanto económica como militarmente. Debían mantener al ejército francés instalado en su territorio, al tiempo que los comerciante franceses saturaron su mercado de cereales y productos manufacturados. Pero el golpe definitivo para Cataluña fue la gran peste de 1650-1654 que provocó una gran mortandad (36.000 víctimas en Barcelona). Sustituir el dominio de Felipe IV de España por el de Luis XIII de Francia no resolvió ninguno de los problemas de Cataluña. Todas las quejas que expresaban antes los catalanes contra Castilla las manifestaban ahora en contra de Francia, aunque en mayor grado y con una mayor incomprensión por parte del gobierno absolutista de París. Por ello, las divisiones internas se manifestaron entre los partidarios de España y de Francia, lo que ofreció la oportunidad a Felipe IV de realizar un esfuerzo supremo para recuperar el principado. El ejército al mando del bastardo don Juan José de Austria forzó la rendición de Barcelona el 13 de octubre de 1652, que reconoció la soberanía de Felipe IV a cambio de la amnistía general y de la promesa del monarca de conservar las constituciones catalanas.
En la Paz de los Pirineos (1659), España y Cataluña perdieron el Rosellón y el Conflent ante Francia. Pero España había recuperado la lealtad de Cataluña y los catalanes podían jactarse de haber preservado sus constituciones y privilegios. La clase dirigente catalana había aprendido varias lecciones. Para conservar su estatus y sus propiedades y para garantizar la ley y el orden necesitaban contar con un gobierno soberano, pues su país no poseía los recursos necesarios para la independencia y no deseaba ser un satélite de Francia. Era de España de la que podía obtener las mejores condiciones.Pero antes de descubrir eso habían provocado el derramamiento de sangre y las privaciones de su pueblo y habían causado una profunda herida al resto de España. Se hace difícil definir con precisión la importancia de la rebelión catalana en la crisis que afectó a España a mediados del siglo XVII. Se hizo necesario dirigir las reservas de dinero y de recursos humanos hacia una desastrosa y costosa guerra civil que precipitó el hundimiento de España, y ofreció la coyuntura favorable para la aparición de nuevas potencias en Europa.Lynch, John. (2000). Los Austrias (1516-1700). Barcelona: Crítica.
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