La Soyuz despegó a las 21.17 hora GMT con ayuda de un cohete portador Soyuz FG de tres fases.
A bordo del aparato, además de Misurkin, viajan los ingenieros de vuelo estadounidenses Mark Vande Hei y Joe Acaba, ambos de la NASA.
En 2011, la agencia espacial estadounidense suspendió su programa de lanzamientos a la EEI, pero recientemente decidió colaborar con Rusia para enviar astronautas a la estación, que se encuentra a una distancia de 400 kilómetros de la tierra.
El comandante Misurkin inicia con este viaje su segunda estancia en la EEI. Por su parte, Acaba cuenta en su historial con 138 días pasados en el espacio a lo largo de dos misiones, mientras que el del Soyuz MS-06 será el primer viaje espacial para Vande Hei.
En caso de que las condiciones lo permitan, la aeronave adoptará la primera opción de su plan de vuelo, que le permitiría desplazarse a una mayor velocidad, lo que permitiría a la Soyuz MS-06 acoplarse a la EEI a las 02.57 GMT del miércoles, tras poco menos de seis horas de vuelo.
Si los parámetros orbitales no se alinean con los necesarios para ejecutar esta primera opción de vuelo o si no se pueden verificar una serie de datos, la torre de control deberá optar por un plan de vuelo alternativo, que contempla un viaje de aproximadamente 48 horas.
La EEI, un proyecto de más de 150.000 millones de dólares en el que participan 16 naciones, está actualmente integrada por 14 módulos permanentes y orbita a una velocidad de más de 27.000 kilómetros por hora.
La órbita de la plataforma es elevada cada cierto tiempo con ayuda de los propulsores de naves acopladas a ella, ya que la EEI pierde diariamente entre 100 y 150 metros de altura debido a la gravitación terrestre, la actividad solar y otros factores.