Discípulo de Julián Sanz del Río, creador y director de la Institución Libre de Enseñanza (ILE), impulsó también proyectos complementarios como el Museo Pedagógico Nacional (1882-1941), la Junta para Ampliación de Estudios(1907-1938), la Residencia de Estudiantes (1910-1939), las Misiones Pedagógicas (1931-1937) o las Colonias Escolares. En su planteamiento de la universidad ideal, Francisco Giner propuso que, como tal institución, fuera "no sólo una corporación de estudiantes y sabios, sino una potencia ética de la vida".
Tras la guerra civil española, la obra de Giner en general, y la ILE en particular, fueron condenadas por el régimen de Franco dentro del proceso de depuración del magisterio español.