La naturopatía nos enseña pues, a seleccionar y utilizar todos los elementos inocuos que la naturaleza nos ofrece libremente; a conocer y desechar los perjudiciales para la salud y también a comprender y respetar todas sus leyes, con el fin de alcanzar el mas idóneo equilibrio, tanto físico como mental y espiritual del cuerpo, el mayor tiempo posible de nuestra vida.
El naturópata, por lo tanto, no pretende luchar contra las enfermedades propiamente dichas, sino que propone naturalizar los medios y las formas de vida del hombre. Su misión principal es la de eliminar las sustancias perjudiciales que se puedan encontrar en el organismo (desechos, toxinas, venenos, células dañadas, etc.), y en su lugar aportar las sustancias útiles y sanas (vitaminas, minerales, nutrientes, plantas, etc.) para depurar y regenerar los tejidos.La función principal del naturópata es la de estimular el sistema y la fuerza de autocuración de cada ser.
La naturopatía sostiene como uno de sus pilares básicos, el de la unidad orgánica, que dice que el cuerpo es un solo órgano, por lo que trata a cualquier dolencia de forma conjunta y global. Otro de sus principales criterios, sostiene la premisa de que no hay enfermedades sino enfermos, al referirse más al terreno o a la predisposición a padecer cualquier tipo de enfermedad, debida por ejemplo a un sistema inmunitario deficiente, malos hábitos de vida, falta de ejercicio, respirar aire contaminado, mala alimentación, consumo de sustancias toxicas, etc.