Obispo y cardenal en Roma, Juan de Torquemada fue uno de los máximos defensores de la Potestad del Pontífice sobre la del Concilio, como representante de Cristo.
En 1431, el papa Eugenio IV le nombró maestro del Sacro Palacio, en Roma y, en 1432, asistió al
Concilio de Basileacomo teólogo pontificio, defendiendo la autoridad del papa sobre la del concilio, y contribuyendo a la condenación de las herejías de Jan Hus y de Wickleff. Después asistió a la Junta de Núremberg y luego a la de Florencia, a donde fue trasladado el concilio. Por su actuación, el papa le concedió el título de Defensor de la Fe.Fue un siglo en el que surgieron polémicas entre papistas y conciliaristas, y entre partidarios de la autoridad temporal del papa frente al poder del emperador, siendo Juan de Torquemada un defensor de la autoridad del papa. Sostuvo siempre a los latinos contra las pretensiones y dogmas de los griegos, y con no menos tesón las prerrogativas de la Silla Romana contra las máximas de los doctores galicanos, servicios que el reconocimiento de Eugenio premió con la púrpura, habiéndole creado cardenal del título de Santa Sabina juntamente con
Bessarion, el Griego, y con los españoles Juan Carvajal, y Alfonso de Borja (que luego fue papa con el nombre de Calixto III).Trabajó como mediador entre el rey Carlos VII de Francia y el papa Eugenio IV para conseguir la conciliación, y entre dicho monarca francés y el rey Enrique VI de Inglaterra para lograr un tratado de paz. Su alta reputación como gran teólogo y consejero en asuntos políticos le permitieron influir en la toma de decisiones de los estados de la Cristiandad de su época.
En la década de 1440, durante los pontificados de
Nicolás V y de Pío II, fue cardenal de San Sixto en Roma, ejerciendo también los obispados de Sabina y de Albano, en Italia, así como los de Cádiz, Orense y León, en España. Sobresalió como promotor de la reforma de su orden, y como protector de las artes, pues a él se debe la restauración del convento de la Minerva en Roma, la ejecución de la fachada del monasterio de San Pablo en Valladolid, y la introducción de la imprenta en Italia. Murió en Roma en 1468.Fue un ferviente
defensor de la autoridad del papa, al que legitimaba como continuación de la que Cristo concedió a San Pedro. Por tanto, el poder de la Iglesia emana directa e íntegramente del Papa. Afirmaba que Cristo sólo instituyó como obispo a Pedro, mientras los demás apóstoles lo fueron indirectamente, por similitud con Pedro. Es por esta causa que los obispos sólo tienen confiado el cuidado de sus fieles, y que carecen de régimen sobre ellos. Se pronunció pues en contra de los conciliaristas, pues la autoridad del Concilio general era inferior a la del Papado. Para Juan de Torquemada sólo al Papa y al colegio cardenalicio, ambos de institución divina, les incumbe el gobierno y apostolado de la comunidad cristiana, mientras que las decisiones de los Concilios sólo son válidas tras la aprobación del Papa.En cuanto a las relaciones entre los poderes secular y eclesiástico no aceptó las tesis que defendían la limitación del poder del Pontífice a asuntos meramente espirituales, sin inmiscuirse en lo temporal, ni tampoco la que proclamaba la jurisdicción universal del Papa, tanto en lo temporal como en lo espiritual, puesto que al ser vicario de Cristo ejercía legítimamente ambas. Juan de Torquemada aceptó un término medio entre ambas: la autoridad del Papa sólo puede ejercerse en los asuntos temporales para la conservación del bien espiritual, la resolución de problemas eclesiásticos o el ejercicio de las atribuciones pastoral y apostólico. Esta doctrina fue recogida y elaborada posteriormente por el cardenal Belarmino, y que llamó
potestad papal en asuntos temporales indirectos.Summa de Ecclesia, de 1460, es una suma eclesiástica dedicada a Nicolás V, en la que respondió a los enemigos de los enemigos de la Iglesia. Fue la obra más importante del final de la Edad Media sobre el poder papal, que influyó en la escolaridad católica hasta el siglo XVIII.
Meditationes, seu Contemplationes devotissimae(Meditaciones, o las contemplaciones de los más devotos) se cree que fue el primer libro italiano ilustrado con una serie de xilografías. Su primera edición fue impresa en Roma en 1467, posiblemente por la imprenta que él mismo promovió y gracia al clérigo e impresor alemán Mainz por Johann Neumeister, alumno de Johannes Gutenberg.
Comentaría in decretum Gratiani (Comentarios al decreto de Graciano), publicado en su posteridad, en 1516, de, divididos en cinco partes.