Luego de actualizar Ubuntu 14.10 a Ubuntu 15.04 el puntero del mouse se volvió invisible, este solo aparecía en la pantalla de login, luego al ingresar a Fluxbox desaparecía, no sucedía lo mismo en Unity (no utilizo Gnome), buscando en Google me entere de otros casos similares con XFCE, el problema es causado por gnome-settings-daemon y se resolvió al desinstalarlo con el comando siguiente.
sudo apt-get --purge remove gnome-settings-daemon
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