La APE conversan con el Doctor FranXX sobre la constante influencia de rebeldía de los parásitos del escuadrón 13, ciertamente el doctor se embarca en los recuerdos de su pasado donde solo era un simple investigador que por sus extraños experimentos fueron notados y reconocidos por la APE una organización con miembros de desconocidos orígenes encargados del control de la humanidad quienes poseen un elevado prestigio deciden contratar al doctor Werner FranXX, él se sorprende de ello pero aun así no esta tan de acuerdo con ello, sin embargo él se motivó a ir donde la APE donde conoce una famosa investigadora llamada Karina Milsa con la cual establece un compañerismo llevando a cabo varios investigaciones con el transcurso del tiempo bajo las órdenes de la APE.
Durante varios años más tarde la humanidad alcanza un gran alto nivel gracias al trabajo que emplea la APE con el magma que surge desde el fondode varios lugares, provocando que solo los ricos se beneficien de ello cuando las divisiones de clases aumentaron al por mayor. Mientras tanto de vuelta al presente, Futoshi discute con Kokoro sobre que debería volver con Mitsuru debido a que ella perdió los recuerdos al igual que mitsuru a causa de la APE, pero la chica está aturdida con Futoshi al no comprenderlo cuando él se larga enojado y Mitsuru escucha parte de la discusión y se acerca a Kokoro para preguntarle sobre qué ocurre, Kokoro le cuenta todo pero Mitsuru le hace saber que aunque fuese cierto lo que todos cuenta, el siente que no es verdad, Kokoro piensa igual.
De vuelta al pasado Werner y Karina toman un cena juntos mientras conversan sobre su futuro juntos como amantes, fuera de ello, más adelante la APE presenta su proyecto de plantación lo cual en esencia los volvieron líderes de la humanidad, sin embargo posteriormente las minas de energía Magma provocaron la tracción de enormes bestias conocidas como Klaxosaurios os cuales provocaron que la humanidad despertara las civilizaciones y empezará a estar dentro de la plantaciones. Más adelante el doctor Werner recibe la notificación de que encontraron un extraño espécimen de Klaxosaurtiro en Alaska, luego de lo se creó una rama ante-Klaxosaurios llamándoles FranXX donde posteriormente el doctor Werner investiga en cómo hacerlos funcionar.
Por lo que su esposa Karina decide ser la primera prueba de ello al intentar pilotar el FranXX sin embargo ella fallece en el intento de lo cual Werner sufre por ello, pero las pruebas procedieron y muchas personas perecieron en el intento pero se crearon pruebas con niños luego de todo ello. En el presente el equipo 13 a excepción de Mitsuru y Kokoro dialogan las acciones de la APE en haber ellos borrado la memoria de Mitsuru y Kokoro, por lo que Hiro decide en ir donde papá con Zorome, mientras tanto en el pasado, constantemente se enviaba escuadrones de FranXX a combatir y ellos morían en el intento u mediante muchos combates a medida que pasaba el tiempo con varias pruebas iban dominando las tácticas y destrezas en acabar con la bestias.
Además de que los jóvenes parásitos se acostumbren a una vida en un ambiente anticuado, más adelante se descubrió sobre la reina de los Klaxosaurios lo cual el doctor FranXX junto a varios soldados investigan en una civilización subterránea para encontrarla cuando ella les habla por medio de voces en sus mentes, todos se ponen alerta y en formación de combate sin embargo son eliminado al instante por un Klaxosaurio a excepción del Doctor Werner FranXX quien es llevado hasta la reina Klaxoasaurio quien al mismo tiempo es la princesa, cuando ella le pide alzar su mano ella olfatea y lame su mano percibiendo sus pecados lo cual ella identifica que ni con la muerte bastará par que sea suficiente.
Warner solo queda eufórico por su belleza e incluso cuando ella le desprende el brazo izquierdo de una sola mordida. Regresando al actual momento Hiro hace una petición a la APE de regresar a Mitsuru y Kokoro a la normalidad pero Papá les hace saber de qué no es posible una vez ya lavados el cerebro, Futoshi se altera criticándole pero Zorome interviene cuestionándoles preguntas sobre el porqué el motivo de solo pelear en FranXX para luego morir, por lo que la APE no contesta, Hiro les cuenta a Papá y toda la APE.
De que después de la próxima misión quieren ser libres de estar bajo el mando de ellos, Papá se lo promete. Hiro busca a Zero Two y le hace saber de qué se tomó una decisión y se la lleva con él. El Doctor FranXX los observa recordando el momento después de haber sido herido por la princesa Klaxosaurio cuando al recuperarse después de estar hospitalizado obtuvo de la princesa una porción de cabello la cual utilizo para crear una clonación naciendo lo que parece ser Zero Two de ello.
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