A continuación el escuadrón 13 recibe nuevas notificaciones, sin embargo esta vez no es por Nana o Hachi. Si no, por una nueva integrante llamada 07 quien ahora será la nueva Nana, mientras que Miku quiere saber qué sucede con la verdadera Nana lo cual no recibe lo que quiere saber, mientras tanto Hiro y Zero Two están frente a la APE, donde Hiro les cuestiona su autoridad sobre sus futuros después de la guerra, por lo que Hiro quiere ser libre junto con Zero Two y su compañeros luego de ello, por lo que Papá les responde de que por supuesto. Por otro lado Hachi informa los detalles al doctor FranXX, por lo que el doctor quiere saber sobre Nana pero Hachi le hace saber sobre la nueva Nana, sin embargo el doctor quería saber sobre la original pero lo deja pasar.
De vuelta al ecuador 13, de pronto Kokoro empieza a sentir náuseas y a vomitar por lo que constantemente ha estado enferma, sencillamente por la razón de que muy probablemente de que quedara embarazada de Mitsuru, los demás le aconsejan que quizás no debería pelear en la siguiente batalla, pero Kokoro realmente quiere continuar con la misión y obedecer las órdenes de Papá, sin embargo Miku la abraza preocupándose por ella de que se arriesgue además de que le sea fiel al tirano del Papá, posteriormente una gran reunión en la gran asamblea se lleva a cabo, la APE dan un discurso para todos los parásitos que combatirán en el campo de batalla, mientras que los Nine observan que el escuadrón 13 son los únicos desinteresados en ello capturando la atención, por lo que Alpha se incomoda por ello, luego de todo los Nines se reencuentran con el equipo 13 para insultarlos.
Pero Zero Two les advierte que los miembros del escuadrón 13 son más fuertes que los Nines además de que ellos miran hacia el futuro, por lo que Alpha enojado los insulta y se marcha. De inmediato la alarma se escucha, todos los escuadrones se preparan para la más feroz y brutal guerra qué les espera, el escuadrón de los Nine entra en acción eliminado a un gran número de Klaxosaurios, mientras que otros equipos lanzan sus proyectiles y en formación de batalla lineal exterminan a varios enemigos, el escuadrón 13 hace su aparición. La unidad Argentea da su saludo al enemigo con su ataque de garras descuartizando muchas bestias, mientras que Chlorophytum con sus ametralladoras dispara a quemarropa, la unidad Delphinium y Genista ejecutan sus arremetidas de largo y corto alcance con sus poderosos ataques frontales.
Con poderosas armas de dos espadas llamadas ‘’Envy Shop’’, y una bayoneta llamada ‘’Rook Sparrow’’, eliminado a varios adversarios, en medio de la batalla Mitsuru apoya a Kokoro en que continúe de ese modo cuando al mencionarla por su nombre su cabeza entra en shock debido a los recuerdos sellados que tiene con ella, Kokoro está atemorizada al ver que su compañero tiene problemas, por lo cual es uan dificultad que ella no puede moverla unidad sin su compañero además de que están en el peligro inminente de la guerra, de pronto Kokoro sufre los mismos daños que Mitsuru. Por otro lado Hiro y Zero Two va de camino al campo de batalla, mientras tanto conversan sobre qué pasaría si fuesen separados ella y Hiro, prometiendose ambos que se buscarían si eso ocurriese, la unidad Strelizia se prepara para partir a la guerra.
Sin embargo Zero Two se percata ante la presencia de un poderoso enemigo acercándose, mientras tanto la APE es asesorada que la Princesa Klaxosaurio ya está cerca. De regreso al bélico campo de batalla un enorme Klaxosaurio con el aspecto de serpiente ataca a varias unidades, Strelizia se dirige a la acción mientras que Hachi y el doctor FranXX son sorprendidos por el ataque de la Princesa Klaxosaurio también conocida como 001 la cual hace su entrada y con su gran bestia destruye los muros de contención de la plantación por lo cual ella surge de la boca de la gran bestia, el doctor FranXX trata de convencerla de que necesita un compañero para pilotear la unidad, sin embargo ella no necesita alguno y lo neutraliza con sus extremidades proporcionadas de Klaxosaurio y directamente va por Hiro.
La unidad Strelizia está siendo perseguida, por lo que la princesa Klaxosaurio sujeta del cuello a Zero Two regañandola y la arroja, por lo que la princesa se dirige a Hiro y le besa conectándose con él para tener acceso al unidad Strelizia, Zero Two está sujeta a la puerta de la cabina del FranXX y observa a ella besando a su prometido, pero Zero Two va tras él, sin embargo la Princesa con sus extremidades lanza a Zero Two abajo del FranXX, por lo cual la princesa se conecta totalmente con Strelitzia, la APE está al tanto de todo y algo incómodos, pero tienen un haz bajo la manga, de pronto la Princesa utiliza sus ondas sonoras que son transmitidos por medio de sus cuernos hacia todas las personas y en el campo de batalla y todos lo lares, la princesa les comunica lo egoístas que son al robar sus bienes de la profundidades.
La APE se enojan pero esperan sus planes los cuales están en curso, Hachi y el doctor FranXX conversan sobre el significado de la profundidades en ello, siendo el magma, el doctor le hace saber que los Klaxosaurios se volvieron seres con poca inteligencia al consumir este producto durante una exagerada cantidad de tiempo, mientras que Zero Two se levanta herida del suelo en busca de Hiro, el doctor aclara que los Klaxosaurio son una alma de una Klaxosapiens hembra y el control del Klaxosapiens macho lo cual los crea, similar a los FranXX y razón de donde se construye estos Mecha, de inmediato todos los pistilos como pilotos de FranXX en el campo de batalla se percatan de ello, por lo que todos se confunden al sentirse que todo el tiempo piloteaba Klaxosaurios y razón por la que el equipo 13 vieron una extraña piedra dorada con forma humana salir de una bestia...
El cual fue exterminada en una anterior batalla, la Princesa Klaxosaurio llega a su objetivo iniciado el procedimiento de fusión, la APE planean regresar a su original forma de ser, mientras que en todo el campo de batalla una gran cantidad de Klaxosaurios surgen del suelo, muchos de ellos se lanzan como misil al espacio mientras que otros disparan al mismo punto contra otros adversarios aparentemente los originales enemigos, por lo que todas las unidades allí están tan desconcertadas como pérdidas en que entender, mientras que los seres de otro lado del universo atacan a los Klaxoasurios estos contraatacan, sin embargo varias naves de ello aterrizan en el campo de batalla saliendo de ellos un ejército de seres alienígenas que atacan a la verdadera forma de Strelizia conocida como ‘’Strelizia Apath’’.
El doctor FranXX se enorgullece de su proyecto en el cual trabajó durante años, por lo que la Princesa revela a Hiro sobre los verdaderos enemigos de la humanidad, una raza de la parte más recóndita del universo llamada los VIRM. Los cuales con su nave de reconocimiento disparan un rayo hyper gamma hacia Strelizia Apth, pero este se salva y contraataca con su Ultras lazer destruyendo la nave de reconocimiento general, la Princesa afirma que no capturaran la tierra los invasores, de pronto ella es neutralizada por la voluntad de los VIRM por medio de la APE.
Los cuales son quienes en realidad son los principales antagonistas y quienes estructuran la tierra para que se autodestruye si la princesa tomaba a Strelizia Path por completo, por lo que el doctor FranXX se frustra al creer que su unidad en el que tanto trabajo demasiado halla sido bloqueda como neutraliza de pronto, mientras que la princesa era consumida por el poder de los VIRM al igual que Hiro, el cual espera a Zero Two, mientras que ella apenas camina estando herida y aun asi pase lo que pase irá por Hiro.
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