En 1187, Alfonso VIII, el Emperador, con su esposa Doña Leonor, otorgan el Fuero dando el Señorío de la villa al abad de San Emeterio después de arrancar a Santander de las manos del último señor de Cantabria, don Rodrigo González de Lara. Ya para entonces, en 1131 Alfonso VII había convertido la Abadía en Colegiata.
"Santander ha sido de señorío y de realengo; pero jamás de abadengo", sostuvo el finado cronista señor Escagedo
Salmón. Y, como afirma otro autor, "crecieron con esto de día en día la hacienda y las prerrogativas de la Colegiata, y habiendo surgido algunas diferencias entre el abad y el cabildo sobre el uso que se había de dar a las rentas, mandó Alfonso X, en 1 272, que se partiesen por igual en dos partes. A principios del siglo XIV todavía vivían los canónigos como los monjes, dentro de la iglesia, como se deduce de la aceptación que hicieron de los estatutos formados por el abad Don Nuño Pérez, diciendo: "Juramosa Dios y a Santa María y a los mártires en cuya casa vi .... vimos ... "
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