Siglos XVI-XVIII

Catedral de Aquisgrán

Como ciudad imperial, Aquisgrán mantuvo ciertas ventajas políticas que la permitían seguir siendo independiente de los problemas de Europa durante muchos años. Seguía siendo vasallo del Sacro Imperio Romano Germánico a lo largo de la mayor parte de la Edad Media, así como era el lugar donde se realizaron muchos concilios eclesiásticos importantes. Estos incluyen el Consejo de 836 y el Consejo de 1166, un concilio convocado por el antipapa Pascual III. En 1598, tras la invasión de los Países Bajos por parte de las tropas españolas, Rodolfo II, desposeyó a todos los poseedores de oficinas Protestantes en Aquisgrán e incluso fue tan lejos como a llegar a expulsarlos de la ciudad. Desde el siglo XVI, Aquisgrán comenzó a perder poder e influencia. Todo comenzó con la coronación de los emperadores que no se coronaron en Aquisgrán, sino en Frankfurt. Más tarde llegó las guerras de religión y el gran incendio de 1656. Culminó en 1794, cuando los franceses, liderados por el general Carlos Francisco Dumouriez ocuparon Aquisgrán.
Aquisgrán se volvió atractiva por su balneario a mediados del siglo XVII, no tanto debido a los efectos de las aguas termales en la salud de sus visitantes, sino porque Aquisgrán era entonces, y se mantuvo hasta bien entrado el siglo XIX, un lugar de alta prostitución en Europa. El rastro de esta parte de la historia oculta de la ciudad se encuentra en las guías turísticas del siglo XVIII en Aquisgrán, así como en otros balnearios; la principal enfermedad, irónicamente, fue la sífilis; sólo a finales del siglo XIX el principal motivo para visitar Aquisgrán y Burtscheid fue el tratamiento del reuma. Aquisgrán fue elegida como sede de varios congresos y tratados de paz importantes: el primer congreso de Aquisgrán en 1668 llevó al Primer Tratado de Aquisgrán, en el mismo año que terminó la Guerra de Devolución. El segundo congreso terminó con el Segundo Tratadoen 1748, terminando la Guerra de Sucesión Austriaca. En 1789, se produjo una crisis constitucional en el gobierno de Aquisgrán.