La sincronización de ficheros entre diferentes ordenadores y dispositivos puede ser un autentico dolor de cabeza. Sobretodo si la red es un poco grande y ya no digo nada si trabajas con equipos en diferentes sedes interconectados a través de una VPN.
Una solución puede ser la sincronización de archivos vía BitTorrent. Existe la posibilidad de usar una sincronización cifrada y segura de nuestros ficheros usando BitTorrent Sync. Ubuntu incluye paquetes que hacen la configuración muy sencilla. Aquí encontré un tutorial que explica el proceso. Espero que os sirva de ayuda.
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