Hughton llego a los magpies de la mano de Kevin Keegan a mediados de la temporada 2007-08, y debutó en White Hart Lane con una goleada frente al Tottenham (que acababa de ganar la Carling Cup) por 1-4, y como ayudante prosiguió hasta la temporada siguiente, hasta que al poco tiempo de haber comenzado la temporada, Keegan renunciase a su puesto después de desavenencias con las decisiones en los fichajes que estaba tomando el club (algo así como lo que hizo Martin O´Neill con los villanos esta temporada). Fue el momento en el que Chris dio un paso adelante, y después de haber estado muchos años como asistente en el Tottenham y Newcastle le llegó su primera oportunidad. La experiencia fue mala, el equipo estaba hundido, y tras caer con estrépito en Carling Cup frente al Tottenham (el equipo de su vida, y que siempre le ha rodeado en los momentos claves), decidió dimitir, y fue recolocado en el club como asistente de Joe Kinnear (el que fuese entrenador de la mítica Crazy Gang). Meses después, problemas en el corazón dejarían a Kinnear fuera de los banquillo, lo que provoco la vuelta de Hughton al banquillo de los Toons, pero como todos saben la temporada pintaba muy mal, y final fue Alan Shearer quién tomo los mandos de una nave que se estrelló y descendió a Championship por su propia incompetencia, ya que el Hull City sin ganar apenas partidos en la segunda vuelta consiguió salvarse por delante de ellos. En Championship, y con una guerra civil en el club, ya que el propietario Mike Ashley quería vender, los aficionados que este se fuese y con una necesaria limpieza en la plantilla volvió a ser Hughton el que tomase los mandos, ya que no se consiguió que Shearer lo hiciese. Entonces todo comenzó a funcionar, el Newcastle pasaba con placidez la que iba a ser su temporada en el infierno (de las 46 jornadas, estuvo en ascenso directo 41, más otra cuatro en tercera posición), había conseguido desprenderse de las altas fichas como la de Owen y sacar dinero por los traspasos de Martins, Bassong. Quedándose a su vez con jóvenes como Andy Carroll, Guthrie, José Enrique o Steven Taylor.
Hughton ya había hecho un gran trabajo en St.James Park, pero seguía sin convencer, y era uno de los favoritos en las apuestas para ser el primer técnico en perder su puesto en la temporada 20101-11, pero entonces consiguió seguir cosechando éxitos al eliminar al Chelsea en su estadio en Carling Cup o meterle un set en blanco al Aston Villa de Habib Beye (uno de los que “escapó” tras el descenso), pero seguia sin convencer a Ashley. Tambien consiguió arrasarar al Sunderland por 5-1 en el ultimo Tyne Wear Derby o asaltar el Emirates Stadium, pero ni así. Porque no solo es un trabajo bien hecho, es lo que el bueno de Hughton ha tenido que aguantar desde que esta en las urracas y eso también debería ser reconocido, pero no, el lunes 6 de diciembre, Mike Ashley, más preocupado de que el club suba su valor para venderlo, le echó y con el un trabajo bien hecho que tanto afición y sobre todo jugadores habian reconocido. Es de suponer que su sustituto, Alan Pardew, se lo agradecera y se llevara un merito que debia de haber sido para Chris.